PDB-2q2v: Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q2v

タイトル

Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

要素

Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase / Pseudomonas putida / SDR

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Cosubstrate-induced dynamics of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Pseudomonas putida.
著者: Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

履歴

登録	2007年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q2v.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q2v.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q2qSC 2q2wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q2w-d 5yss-d 4e4y-2 4trr-1 3vdq-d 3uxy-d 6pei-d 3vtz-d 3vdr-d 5ics-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 4 ポリマー
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4

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.328, 58.176, 119.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.300, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-257- HOH
2	1	B-304- HOH
3	1	C-333- HOH
4	1	D-301- HOH

#1: タンパク質	Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 26507.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: bdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AE70, 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 17-20 % PEG 1500, 0.2mM calcium chloride, 10mM acetoacetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 62236 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 0.931 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.154 / Num. unique all: 6088 / Χ²: 1.007 / % possible all: 98.3

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.584 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.254

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.82 Å
Translation	3 Å	29.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q2Q

2q2q

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 6.151 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	3157	5.1 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.171	62171	99.33 %	-
all	-	1443	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	-0.45 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7374	0	132	447	7953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.969	10467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.755	5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.307	24.502	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.638	15	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.596	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.765	1.5	5076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.228	3	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.28	4.5	2603

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	243	-
R_work	0.17	4274	-
obs	-	4517	98.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9314	-0.0064	0.2085	0.4149	-0.2082	0.5191	0.0375	0.0729	-0.0685	-0.042	-0.0213	0.1282	0.0613	-0.1041	-0.0162	-0.1037	-0.0032	0.0046	-0.102	-0.0141	-0.0883	39.4714	-1.4849	-11.8722
2	1.0155	0.0602	-0.0577	0.6468	-0.1551	0.6277	0.0176	-0.2298	0.0283	0.0929	0.0077	0.0825	-0.0261	-0.113	-0.0254	-0.1246	-0.0019	0.0113	-0.0719	-0.007	-0.1053	45.4266	1.7794	17.8667
3	0.8638	0.134	0.0742	1.598	0.231	1.2599	0.0417	-0.0758	-0.0932	0.1277	-0.0358	-0.3783	0.0043	0.301	-0.0059	-0.0207	-0.0082	-0.0429	-0.0093	0.0251	-0.0077	16.9122	1.0586	69.354
4	0.7403	-0.0215	-0.1156	0.6223	0.0614	1.4092	0.0516	0.1271	0.0202	-0.1503	-0.0605	-0.1463	-0.0458	0.1763	0.0089	-0.0077	0.0263	0.02	-0.0336	0.0182	-0.0536	7.7029	4.2244	40.4881
5	1.4745	1.2402	1.1197	6.0355	1.5947	0.9356	0.0687	0.1084	-0.4264	-0.1957	-0.058	-0.0507	0.3671	0.1541	-0.0106	0.0732	0.01	0.0222	0.0224	-0.0131	0.0533	40.4706	-25.9559	-7.3855
6	2.7889	0.9643	-0.4285	4.1076	-1.4989	5.4704	-0.0106	-0.0076	0.5599	0.4414	-0.129	-0.299	-0.582	0.2368	0.1396	0.0009	0.0218	-0.0096	-0.0703	-0.0026	0.1067	49.8984	24.5534	13.6938
7	4.9096	-0.8028	1.8625	11.7276	-6.8749	7.571	-0.2158	-0.2903	-1.2979	0.1569	0.3989	-0.2612	0.849	-0.6923	-0.1831	0.2722	0.0641	0.1051	0.1603	0.0354	0.2306	10.7817	-20.3858	67.557
8	2.0519	-4.6604	-1.085	15.5524	-4.7734	12.5408	-0.3937	0.1895	0.5269	-0.5388	0.0666	0.5047	-0.957	0.0544	0.3271	0.2554	-0.0566	-0.0917	0.1963	0.0736	0.2142	3.8022	25.4625	45.4719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 185	1 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	213 - 256	212 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 185	1 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	213 - 256	212 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 185	1 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	213 - 256	212 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 185	1 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	213 - 256	212 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	186 - 212	185 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	186 - 212	185 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	186 - 212	185 - 211
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	186 - 212	185 - 211

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関連情報:EMDBヘッダ

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