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- PDB-2q2u: Structure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2u
タイトルStructure of Chlorella virus DNA ligase-product DNA complex
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
  • Chlorella virus DNA ligase
キーワードLIGASE/DNA / LIGASE / PRODUCT-COMPLEX / PROTEIN-DNA COMPLEX / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lima, C.D. / Nandakumar, J. / Nair, P.A. / Smith, P. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for nick recognition by a minimal pluripotent DNA ligase.
著者: Nair, P.A. / Nandakumar, J. / Smith, P. / Odell, M. / Lima, C.D. / Shuman, S.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
A: Chlorella virus DNA ligase
B: Chlorella virus DNA ligase
C: Chlorella virus DNA ligase
D: Chlorella virus DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,99812
ポリマ－198,99812
非ポリマー00
水1,00956
1
E: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
A: Chlorella virus DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7493
ポリマ－49,7493
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
B: Chlorella virus DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7493
ポリマ－49,7493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
C: Chlorella virus DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7493
ポリマ－49,7493
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
K: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'
D: Chlorella virus DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7493
ポリマ－49,7493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.475, 92.895, 89.633
Angle α, β, γ (deg.)70.320, 78.450, 89.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3'


分子量: 6494.194 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthsized.
#2: DNA/RNAハイブリッド
5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3'


分子量: 6422.177 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthsized.
#3: タンパク質
Chlorella virus DNA ligase


分子量: 36833.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 株: Chlorella virus / 遺伝子: A544R / プラスミド: pET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O41026
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: A mixture of ChVLig (230 microM), nicked duplex DNA (220 microM) and 2 mM EDTA was added to an equal volume of a well solution containing 100 mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 30 mM ammonium acetate, ...詳細: A mixture of ChVLig (230 microM), nicked duplex DNA (220 microM) and 2 mM EDTA was added to an equal volume of a well solution containing 100 mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 30 mM ammonium acetate, 22% PEG-4000. Crystals were grown at 22 C by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals appeared after 3 days. Crystals of ChVLig in complex with nicked DNA were transferred to a solution containing 100 mM Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 110 mM ammonium acetate, 22.5% PEG-4000, 5 mM MnCl2 for 5 min, then placed into a solution containing the same components plus 15% glycerol prior to flash-freezing the crystals in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Bis-Tris-HCL11
2EDTA11
3PEG-400011
4ammonium acetate11
5EDTA12
6PEG-400012
7ammonium acetate12
8EDTA13
9PEG-400013
10ammonium acetate13
11glycerol13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月5日
詳細: Double crystal monochromator. Si(111) or Si(220) options. Sagitall focusing. Cylindrically bent ULE mirror with Pt and Rh coating.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 41596 / Num. obs: 39849 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.665 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3651 / Χ2: 0.551 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345softwareデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of Chlorella virus DNA ligase bound to nicked DNA

解像度: 3→24.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1004723.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1924 5.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all-39420 --
obs-38001 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.412 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.99 Å20.07 Å2-2.18 Å2
2--0 Å2-5.11 Å2
3---7.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9440 3428 0 56 12924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 297 5 %
Rwork0.342 5653 -
obs-5950 91.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-apl.paramprotein-apl.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-apc_rep.paramdna-rna-apc.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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