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万見
- PDB-2q2k: Structure of nucleic-acid binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2k
タイトルStructure of nucleic-acid binding protein
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*CP*(5IU)P*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
  • Hypothetical protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA / partition / segregation / parB / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性Arc Repressor Mutant - #20 / Arc Repressor Mutant / Helix non-globular / Special / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Conserved domain protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Glover, T. / Firth, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Segrosome structure revealed by a complex of ParR with centromere DNA.
著者: Schumacher, M.A. / Glover, T.C. / Brzoska, A.J. / Jensen, S.O. / Dunham, T.D. / Skurray, R.A. / Firth, N.
履歴
登録2007年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*CP*(5IU)P*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9284
ポリマ－22,6893
非ポリマー2381
水00
1
F: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*CP*(5IU)P*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子

F: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*CP*(5IU)P*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8558
ポリマ－45,3796
非ポリマー4772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 56.300, 232.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*CP*(5IU)P*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 6354.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 8167.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FDA3, UniProt: O87365*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2isopropanol11
3HEPES11
4PEG 400012
5isopropanol12
6HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→77.6 Å / Num. all: 4650 / Num. obs: 4506 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 450 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→41.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1236191.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 426 9.5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 4506 91.7 %-
all-4650 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0649 Å2 / ksol: 0.342795 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.22 Å221.74 Å20 Å2
2--8.22 Å20 Å2
3----16.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数762 407 15 0 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.631.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.692.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.061 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 49 9.1 %
Rwork0.423 492 -
obs-450 69.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna.param.txtdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION5hepes.paramhepes.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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