PDB-2q2f: Structure of the human Selenoprotein S (VCP-interacting membrane ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q2f

タイトル

Structure of the human Selenoprotein S (VCP-interacting membrane protein)

要素

Selenoprotein S

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Anti-parallel coiled-coil / Endoplasmic reticulum / Membrane / Selenium / Selenocysteine / Transmembrane / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitric oxide metabolic process / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / Derlin-1-VIMP complex / negative regulation of macrophage apoptotic process / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle / negative regulation of glucose import / low-density lipoprotein particle / Derlin-1 retrotranslocation complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Paramanathan, R. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Selenoprotein S (VCP-interacting membrane protein).
著者: Walker, J.R. / Paramanathan, R. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2007年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q2f.cif.gz	45.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q2f.ent.gz	36.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q2f_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q2f_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	2q2f_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	2q2f_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5leb-d 5nl6-d 2ala-d 3443 2xrb-d 3425 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Selenoprotein S

ヘテロ分子

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Selenoprotein S

ヘテロ分子

A: Selenoprotein S

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.666, 18.705, 37.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1/2, y+1/2, -z.

#1: タンパク質	Selenoprotein S / VCP-interacting membrane protein 分子量: 10786.705 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled-coil Domain, Residues 52-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SELS, VIMP, AD-015, SBBI8 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BQE4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein buffer: 100mM NaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.0, 1mM EDTA, 2mM CaCl2, 5mM Beta-mercaptoethanol. Crystallization buffer: 13% PEG2000 MME, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.1M KSCN. Cryo: 30% ...詳細: Protein buffer: 100mM NaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.0, 1mM EDTA, 2mM CaCl2, 5mM Beta-mercaptoethanol. Crystallization buffer: 13% PEG2000 MME, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.1M KSCN. Cryo: 30% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.48 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein buffer: 100mM NaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.0, 1mM EDTA, 2mM CaCl2, 5mM Beta-mercaptoethanol. Crystallization buffer: 13% PEG2000 MME, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.1M KSCN. Cryo: 30% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97927 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日
放射	モノクロメーター: double crystal and K-B pair of biomorph mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→31.2 Å / Num. all: 13654 / Num. obs: 13654 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 19.86 Å² / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 25.08
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1216 / R_sym value: 0.325 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→31.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.658 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21434	668	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18135	-	-	-
all	0.18291	-	-	-
obs	0.18291	12947	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	2.12 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	577	0	8	68	653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.984	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.675	5	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.99	22.667	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.956	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.702	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.286	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.856	3	411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	4	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.771	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.453	7	222

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	39	-
R_work	0.18	816	-
obs	-	-	84.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9482	1.1038	2.0383	0.6346	0.716	5.2116	-0.1732	0.1692	0.2357	0.2202	0.0005	-0.1566	-0.47	0.3229	0.1727	0.1136	-0.0488	-0.0309	0.0942	0.059	0.0831	35.5783	9.3324	15.0445
2	0.0757	0.8181	-0.7316	9.0769	-8.711	9.8449	-0.0884	-0.0236	0.0059	0.0342	-0.2071	-0.0627	0.02	0.4013	0.2955	0.113	-0.0193	-0.0448	0.1068	0.0273	0.0523	33.1033	2.6669	19.5414
3	2.6643	0.5103	-1.7005	1.2835	-1.9206	8.5385	0.1086	-0.0258	0.0572	0.0177	-0.1475	0.0037	-0.1472	0.0106	0.0389	0.1202	0.004	-0.0331	0.073	0.0111	0.0621	30.7237	-1.4304	25.2265
4	3.605	1.1063	-5.4263	3.3224	-3.3597	9.1303	-0.2602	-0.1133	-0.1661	-0.3228	0.1109	-0.1144	0.5219	-0.0552	0.1493	0.1136	-0.0114	-0.0123	0.0774	0.0069	0.0631	30.5435	-9.0851	33.4654
5	1.2439	2.6621	-0.2772	5.9938	-1.0222	0.6827	-0.2528	0.0418	-0.005	-0.0292	0.2182	0.0047	0.0612	-0.0074	0.0346	0.0675	-0.006	-0.0279	0.0911	0.0009	0.0917	25.2222	-8.9463	39.8312
6	5.5306	-0.4778	-3.2422	1.1259	-0.693	3.0968	0.046	0.1132	0.0196	-0.0232	-0.093	0.1513	-0.1344	-0.1762	0.047	0.0711	-0.0008	0.0027	0.0806	-0.0139	0.1075	18.2802	-11.5003	45.2245
7	24.1225	-1.8224	-11.3643	11.5571	1.2021	5.8614	0.2598	-0.3071	0.4205	-0.1556	-0.2063	0.0481	-0.2009	-0.5047	-0.0534	0.0118	0.0163	0.0168	0.1269	-0.0346	0.0754	12.738	-10.6834	51.0636
8	30.6602	5.0544	-10.5725	2.5851	-4.2348	7.1904	-0.4106	-0.6096	-0.5909	-0.0025	0.0125	0.0457	0.1927	0.1778	0.398	0.024	0.0257	0.043	0.1532	-0.0024	0.0933	6.0279	-14.207	55.446
9	26.6841	0.3141	-10.0274	2.0588	1.6266	6.1599	0.0069	-0.5938	0.0421	-0.1193	0.0306	0.0601	-0.4376	0.2225	-0.0375	-0.0815	0.0266	0.1275	0.1729	0.0342	0.0341	-1.3768	-14.4323	60.3777
10	20.3293	3.2243	-12.1708	12.1557	-10.9418	30.7241	-0.0129	-1.2932	-0.8402	0.6382	-0.3629	-0.5052	0.5945	1.154	0.3758	0.0828	0.0307	-0.0021	0.24	0.0408	0.1419	-7.2911	-17.101	66.4458
11	29.0737	13.3046	-20.3258	8.4209	-11.7453	23.5304	0.5071	-1.2466	0.657	0.1547	-0.646	0.3888	-0.1511	1.5634	0.1389	-0.0359	-0.0411	0.0658	0.2093	-0.0061	0.08	-15.4327	-17.3557	71.4811
12	31.195	3.6741	-11.5087	11.2599	-14.6479	20.5648	1.4451	-1.6585	0.7222	-0.2521	-0.0705	0.8866	-0.8359	0.2641	-1.3746	0.0159	-0.0652	0.0777	0.1195	0.0273	0.1406	-23.7756	-19.6142	77.0238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 58	18 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	59 - 62	26 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	63 - 69	30 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	70 - 76	37 - 43
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	77 - 81	44 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	82 - 87	49 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	88 - 92	55 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	93 - 98	60 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	99 - 104	66 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	105 - 109	72 - 76
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	110 - 117	77 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	118 - 122	85 - 89

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)