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- PDB-2q2e: Crystal structure of the topoisomerase VI holoenzyme from Methano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2e
タイトルCrystal structure of the topoisomerase VI holoenzyme from Methanosarcina mazei
要素
  • Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B
  • Type II DNA topoisomerase VI subunit A
キーワードISOMERASE / topoisomerase / DNA-binding / Spo11 / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / : / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA topological change / chromosome / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2960 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #80 / DNA topoisomerase VI, subunit B, C-terminal / Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B C-terminal domain / DNA topoisomerase VI, subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A, N-terminal / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, TOPRIM domain / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A superfamily / Type IIB DNA topoisomerase ...Immunoglobulin-like - #2960 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #80 / DNA topoisomerase VI, subunit B, C-terminal / Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B C-terminal domain / DNA topoisomerase VI, subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A, N-terminal / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, TOPRIM domain / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A superfamily / Type IIB DNA topoisomerase / DNA topoisomerase VI, subunit B / DNA topoisomerase VI, subunit B, transducer / Topoisomerase VI B subunit, transducer / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Special / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit A / Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Benedetti, P. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Holoenzyme assembly and ATP-mediated conformational dynamics of topoisomerase VI
著者: Corbett, K.D. / Benedetti, P. / Berger, J.M.
履歴
登録2007年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II DNA topoisomerase VI subunit A
B: Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0332
ポリマ－111,0332
非ポリマー00
水00
1
A: Type II DNA topoisomerase VI subunit A
B: Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B

A: Type II DNA topoisomerase VI subunit A
B: Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,0654
ポリマ－222,0654
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)227.812, 227.812, 208.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細The biological assembly (A2B2 heterotetramer) is generated by the two-fold axis: -y, -x, 1/3-z

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要素

#1: タンパク質 Type II DNA topoisomerase VI subunit A


分子量: 42179.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: top6A / プラスミド: pST39 coexpression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8PUB7, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B / Type II DNA topoisomerase VI subunit B / TopoVI-B


分子量: 68853.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: top6B / プラスミド: pST39 coexpression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8PUB8, EC: 5.99.1.3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.0, 1.6-1.8 M ammonium sulfate pH 7.5, 10 mM magnesium chloride, 10 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159, 1.2386, 1.21495, 1.21434
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11591
21.23861
31.214951
41.214341
反射解像度: 4→100 Å / Num. all: 25975 / Num. obs: 25975 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0026精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 119.896 / SU ML: 0.733 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.68 / ESU R Free: 0.776 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34927 1269 4.9 %RANDOM
Rwork0.30579 ---
obs0.3079 24582 94.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1.6 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 192.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.89 Å22.95 Å20 Å2
2--5.89 Å20 Å2
3----8.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7039 0 0 0 7039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.009543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73812
LS精密化 シェル解像度: 4→4.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 115 -
Rwork0.454 1757 -
obs--95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.80162.942-0.65612.61280.55823.49550.23590.10730.49630.24530.18730.469-0.0089-0.6231-0.42310.11630.3150.2384-0.25130.53580.4196-50.4479190.1187125.9162
22.9450.80251.63031.15361.79953.5842-0.150.1632-0.35470.1438-0.29870.5324-0.6133-0.39130.44880.17220.13390.57760.03130.27750.6306-67.6238179.5184148.8976
36.1589-0.2320.72775.817-1.06870.2726-0.11740.0528-0.03991.66220.18170.1233-0.67950.4515-0.06430.312-0.29490.37840.14450.21970.2219-56.1045168.1269162.9211
42.2171-0.66550.06520.6585-0.3671.8772-0.3704-0.0342-0.18320.20780.4286-0.0523-0.0120.2294-0.0582-0.17410.12530.1332-0.0594-0.0108-0.23722.9651140.3869121.077
50.1263-0.32860.62763.13311.86628.4936-0.2705-0.1020.30161.23750.407-0.6343-0.12720.423-0.13640.12920.0634-0.48160.6409-0.01850.405629.9497159.6823141.0197
62.5571-1.88780.24692.3718-0.62730.2263-0.2998-0.09160.31260.33790.4593-0.0762-0.32970.0837-0.1595-0.01160.20970.0048-0.06750.0217-0.1668-10.5378173.869125.5228
71.387-0.626-0.63945.9551-1.90823.7617-0.0474-0.05560.29960.26330.36470.2445-0.5436-0.2539-0.3172-0.14680.05430.0578-0.28860.22530.0753-26.6733216.6375106.0754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 14415 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2AA145 - 287145 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3AA288 - 367288 - 367
4X-RAY DIFFRACTION4BB17 - 23017 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5BB231 - 316231 - 316
6X-RAY DIFFRACTION6BB317 - 510317 - 510
7X-RAY DIFFRACTION7BB511 - 605511 - 605

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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