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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q20 | ||||||
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タイトル | Structure of the germline Vk1 O18/O8 light chain variable domain homodimer | ||||||
![]() | Vk1 O18/O8 germline light chain variable domain | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Vk1 / germline / AL / light chain amyloidosis / amyloid / immunoglobulin / light chain / light chain variable domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M. / Baden, E.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Altered dimer interface decreases stability in an amyloidogenic protein. 著者: Baden, E.M. / Owen, B.A. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Ramirez-Alvarado, M. / Thompson, J.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | Sequence The sequence is not available in the UniProt database at the time of processing. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 11971.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein: 890 micromolar in 10 mM TRIS pH 7.4. Mother Liquor: 15-30% (w/v) PEG 4K, 0.2 Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 7.9-8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→99 Å / Num. all: 74839 / Num. obs: 74839 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 53.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5311 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: polyserine model of pdb entry 1BRE chain A 解像度: 1.3→99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.995 / SU ML: 0.019 Isotropic thermal model: Isotropic model later refinement cycles anisotropic 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.491 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
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