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- PDB-2q20: Structure of the germline Vk1 O18/O8 light chain variable domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q20
タイトルStructure of the germline Vk1 O18/O8 light chain variable domain homodimer
要素Vk1 O18/O8 germline light chain variable domain
キーワードPROTEIN FIBRIL / Vk1 / germline / AL / light chain amyloidosis / amyloid / immunoglobulin / light chain / light chain variable domain
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M. / Baden, E.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Altered dimer interface decreases stability in an amyloidogenic protein.
著者: Baden, E.M. / Owen, B.A. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Ramirez-Alvarado, M. / Thompson, J.R.
履歴
登録2007年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999Sequence The sequence is not available in the UniProt database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vk1 O18/O8 germline light chain variable domain
B: Vk1 O18/O8 germline light chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9422
ポリマ－23,9422
非ポリマー00
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.265, 74.265, 99.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: 抗体 Vk1 O18/O8 germline light chain variable domain


分子量: 11971.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Vk1 O18/O8 light chain germline / プラスミド: pET12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P01594
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein: 890 micromolar in 10 mM TRIS pH 7.4. Mother Liquor: 15-30% (w/v) PEG 4K, 0.2 Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 7.9-8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→99 Å / Num. all: 74839 / Num. obs: 74839 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 53.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5311 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: polyserine model of pdb entry 1BRE chain A

1bre


解像度: 1.3→99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.995 / SU ML: 0.019
Isotropic thermal model: Isotropic model later refinement cycles anisotropic
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14815 535 0.7 %RANDOM
Rwork0.11935 ---
obs0.11955 74839 99.19 %-
all-74839 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 454 2424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.9582837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.16434047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4025287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93226.19692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16315338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.808155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3010.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0620.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4591.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6821.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97722156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.53876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5114.5678
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.33334497
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.8213454
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.38833666
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 42 -
Rwork0.218 5311 -
obs-5311 96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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