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万見
- PDB-2q1z: Crystal Structure of Rhodobacter sphaeroides SigE in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1z
タイトルCrystal Structure of Rhodobacter sphaeroides SigE in complex with the anti-sigma ChrR
要素
  • Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
  • RpoE, ECF SigE
キーワードTRANSCRIPTION / ECF sigma factor / anti-sigma factor / cupin fold / Zinc binding transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor ChrR, putative / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / ChrR-like cupin domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / ChrR Cupin-like domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 ...Anti-sigma factor ChrR, putative / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / ChrR-like cupin domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / ChrR Cupin-like domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-E factor ChrR / ECF RNA polymerase sigma factor RpoE
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Campbell, E.A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A conserved structural module regulates transcriptional responses to diverse stress signals in bacteria.
著者: Campbell, E.A. / Greenwell, R. / Anthony, J.R. / Wang, S. / Lim, L. / Das, K. / Sofia, H.J. / Donohue, T.J. / Darst, S.A.
履歴
登録2007年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RpoE, ECF SigE
B: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
C: RpoE, ECF SigE
D: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6928
ポリマ－83,4304
非ポリマー2624
水00
1
A: RpoE, ECF SigE
B: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8464
ポリマ－41,7152
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA, PQS
2
C: RpoE, ECF SigE
D: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8464
ポリマ－41,7152
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.601, 119.640, 280.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
モデル数2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label alt-ID: A / End auth comp-ID: ASP / End label alt-ID: A / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ALAALABB86 - 19486 - 194
2ASPASPDD87 - 19487 - 194
詳細The biological assembly (a heterodimer of RpoE and ChrR) is generated by chains A and B or chains C and D

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要素

#1: タンパク質 RpoE, ECF SigE


分子量: 21027.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: rpoE / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IYV6
#2: タンパク質 Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR


分子量: 20687.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: chrR / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P40685
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium acetate, 1.6-1.9M sodium formate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2806 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月24日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. all: 29380 / Num. obs: 29316 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.75 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 32.64
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 2870 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.4→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 44.021 / SU ML: 0.458 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3293 1491 5.2 %RANDOM
Rwork0.28411 ---
all0.28646 29380 --
obs0.28646 27356 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.13 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5185 0 4 0 5189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0217056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9469590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6675933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93623.213305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.732151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6381562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3690.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4061.54780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6927333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18832554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8594.52257
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 707 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.480.5
medium thermal0.472
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 95 -
Rwork0.35 1727 -
obs-2870 85.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8256-1.89330.71776.84241.02792.9279-0.2221-0.46090.1001-0.0390.23830.1288-0.1896-0.192-0.0162-0.42860.0053-0.0257-0.20020.0138-0.35432.685618.7605160.2999
24.37660.07121.78628.53731.61949.3266-0.27480.00271.2601-0.98710.20380.0781-1.1553-0.30280.0710.36140.0894-0.2467-0.3107-0.02950.083527.083346.2562150.9795
32.61984.83440.456610.29041.85514.26180.989-0.45210.58412.4484-1.18790.37660.9481-0.64750.19890.9163-0.48560.1786-0.031-0.1948-0.449625.233221.5601194.099
46.36433.5231-0.947612.46852.963410.2770.28170.03320.490.7234-0.1908-0.285-1.10910.6148-0.09080.0144-0.2716-0.1347-0.1606-0.0004-0.171440.637445.5962184.9246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 77
3X-RAY DIFFRACTION1B196
4X-RAY DIFFRACTION2B86 - 194
5X-RAY DIFFRACTION2B197
6X-RAY DIFFRACTION3C5 - 175
7X-RAY DIFFRACTION3D2 - 74
8X-RAY DIFFRACTION3D196
9X-RAY DIFFRACTION4D87 - 194
10X-RAY DIFFRACTION4D197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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