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万見
- PDB-2q1n: Actin Dimer Cross-linked Between Residues 41 and 374 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1n
タイトルActin Dimer Cross-linked Between Residues 41 and 374
要素Actin, alpha skeletal muscle
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cross-linked dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / stress fiber / skeletal muscle fiber development / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family ...ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / LATRUNCULIN A / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Pashkov, I. / Kudryashov, D.S. / Adisetiyo, H. / Reisler, E. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Multiple crystal structures of actin dimers and their implications for interactions in the actin filament.
著者: Sawaya, M.R. / Kudryashov, D.S. / Pashkov, I. / Adisetiyo, H. / Reisler, E. / Yeates, T.O.
履歴
登録2007年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,74110
ポリマ－83,7252
非ポリマー2,0168
水41423
1
A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子

A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,74110
ポリマ－83,7252
非ポリマー2,0168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
2
B: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子

B: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,74110
ポリマ－83,7252
非ポリマー2,0168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)108.057, 71.813, 54.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LAR / End label comp-ID: LAR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 403 / Label seq-ID: 4

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - F
2BB - J
詳細A unit cell translation along the "c" axis generates the cross-linked dimer.

-
要素

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-LAR / LATRUNCULIN A / 4-(17-HYDROXY-5,12-DIMETHYL-3-OXO-2,16-DIOXABICYCLO[13.3.1]NONADECA-4,8,10-TRIEN-17-YL)-2-THIAZOLIDINONE


分子量: 421.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H31NO5S / コメント: 毒素*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% MPD, 0.1M sodium acetate, 0.02 M calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→90 Å / Num. all: 23524 / Num. obs: 23524 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 71.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Num. unique all: 2291 / Χ2: 1.035 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2A5X

2a5x


解像度: 2.7→52.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 30.078 / SU ML: 0.34 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1147 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.231 22428 --
obs0.231 22428 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.56 Å20 Å2-1.07 Å2
2--6.18 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5401 0 124 23 5548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9897682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87639260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.755685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18623.975239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62315945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1171533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.23978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.22764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22842
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1830.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.16823579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.43721384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.06535568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51122428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.532114
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2023TIGHT POSITIONAL0.020.05
2622MEDIUM POSITIONAL0.210.5
2023TIGHT THERMAL0.110.5
2622MEDIUM THERMAL0.492
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 72 -
Rwork0.32 1563 -
obs-1635 98.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8959-0.04390.25991.33110.96763.9033-0.0955-0.2328-0.27970.1057-0.04070.35390.0657-0.49460.1362-0.1846-0.0917-0.0023-0.19140.04980.041719.663830.07816.5649
26.05911.19552.8151.9077-0.34264.8774-0.11340.8257-0.1576-0.35160.190.02640.06120.3929-0.0766-0.2039-0.10280.0176-0.12620.0472-0.214243.31233.27398.3532
313.52250.0563-0.81713.0884-0.0360.0497-0.0313-1.60980.56580.1818-0.0462-0.0667-0.0491-0.46980.0775-0.0808-0.03330.0256-0.1416-0.0312-0.247645.9939.749531.9341
44.96-1.1537-0.16741.27370.73724.5503-0.08020.54950.274-0.2436-0.0730.3718-0.2045-0.15040.1532-0.1540.0442-0.1059-0.19450.09330.0811-4.54694.254115.6947
57.4007-1.00090.41931.6405-0.29462.8708-0.2495-0.970.0290.30640.28220.3399-0.1788-0.1236-0.0326-0.18270.10210.04530.02420.1045-0.231812.07621.122934.4453
67.6339-0.66452.89950.9565-0.27953.15120.14771.1695-0.427-0.15250.0402-0.11480.2721-0.2266-0.1879-0.14060.01640.0463-0.0276-0.068-0.23725.9723-5.362115.2067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 375 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1AA66 - 13766 - 137
3X-RAY DIFFRACTION1AA337 - 347337 - 347
4X-RAY DIFFRACTION2AA138 - 181138 - 181
5X-RAY DIFFRACTION2AA263 - 336263 - 336
6X-RAY DIFFRACTION3AA182 - 262182 - 262
7X-RAY DIFFRACTION4BB5 - 375 - 37
8X-RAY DIFFRACTION4BB66 - 13766 - 137
9X-RAY DIFFRACTION4BB337 - 347337 - 347
10X-RAY DIFFRACTION5BB138 - 181138 - 181
11X-RAY DIFFRACTION5BB263 - 336263 - 336
12X-RAY DIFFRACTION6BB182 - 262182 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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