PDB-2q17: Formylglycine Generating Enzyme from Streptomyces coelicolor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q17

タイトル

Formylglycine Generating Enzyme from Streptomyces coelicolor

要素

formylglycine generating enzyme

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / FGE / formylglycine / sulfatase

機能・相同性

機能・相同性情報

formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / cupric ion binding / post-translational protein modification / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Carlson, B.L. / Ballister, E.R. / Skordalakes, E. / King, D.S. / Breidenbach, M.A. / Gilmore, S.A. / Berger, J.M. / Bertozzi, C.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Function and structure of a prokaryotic formylglycine-generating enzyme.
著者: Carlson, B.L. / Ballister, E.R. / Skordalakes, E. / King, D.S. / Breidenbach, M.A. / Gilmore, S.A. / Berger, J.M. / Bertozzi, C.R.

履歴

登録	2007年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q17.cif.gz	534.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q17.ent.gz	432.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q17_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q17_full_validation.pdf.gz	495.6 KB	表示
XML形式データ	2q17_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	2q17_validation.cif.gz	86.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y1eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6muj-4 5j5d-d 4efz-3 3r8h-d 6apl-6 6bdq-d 7bqa-1 3g42-2 6t5g-d 2jt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: formylglycine generating enzyme

B: formylglycine generating enzyme

C: formylglycine generating enzyme

D: formylglycine generating enzyme

E: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

188 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: formylglycine generating enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.444, 142.444, 217.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	formylglycine generating enzyme 分子量: 37482.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: A3(2) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F3C7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris, 2.4 M ammonium formate, 0.3% -octylglucoside, 3.2% 2-butanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 123276
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y1E

1y1e

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 12.851 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24114	6203	5 %	RANDOM
R_work	0.19895	-	-	-
obs	0.20106	117425	83.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.37 Å²	1.19 Å²	0 Å²
2-	-	2.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11130	0	5	976	12111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	11590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.099	1.899	15856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.905	5	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.921	21.377	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.894	15	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.617	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	7775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.124	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.283	1.5	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.422	2	11436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.797	3	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.163	4.5	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.518	3	12398
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.348	3	981
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	0.571	3	11195

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	481	-
R_work	0.291	9029	-
obs	-	-	88.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8829	-0.4571	-0.1326	2.0763	0.0404	2.2462	-0.1122	-0.119	-0.1133	0.2911	0.0187	0.1135	0.2869	-0.1752	0.0935	0.0171	0.0288	0.0292	-0.2514	0.0195	-0.1198	23.8048	58.8867	35.419
2	1.3712	0.4107	-0.8471	1.4427	-0.4707	3.4677	0.0129	-0.1183	-0.0282	0.0201	0.0799	-0.0295	0.1661	-0.1259	-0.0928	-0.2383	-0.0297	-0.0255	-0.0666	-0.023	-0.1092	13.8881	-3.6163	50.2965
3	1.6762	0.1468	-0.2182	2.8701	0.3779	3.4612	-0.1757	0.0123	0.0519	-0.3442	0.1438	-0.1244	-0.2642	-0.1828	0.0319	-0.0929	-0.0152	0.0497	-0.2118	-0.0266	-0.061	23.4514	24.5999	29.4034
4	1.5127	-0.5185	-0.3374	2.1622	0.8253	3.369	-0.0757	0.054	0.047	0.1706	-0.0041	-0.01	-0.0752	-0.1394	0.0798	-0.1041	0.0608	-0.0077	-0.1783	0.0288	-0.1426	60.586	32.9898	56.876
5	1.9167	-0.4321	-0.2796	1.9087	0.596	2.3387	-0.1571	-0.0627	0.0424	0.1854	0.0922	-0.0764	0.1125	0.4389	0.065	-0.104	0.026	-0.0203	-0.1267	0.0464	-0.1299	63.7509	52.9303	28.6271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 305	50 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	19 - 306	51 - 338
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	20 - 306	52 - 338
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	20 - 305	52 - 337
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	19 - 307	51 - 339

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