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- PDB-2q0o: Crystal structure of an anti-activation complex in bacterial quor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q0o
タイトルCrystal structure of an anti-activation complex in bacterial quorum sensing
要素
  • Probable transcriptional activator protein traR
  • Probable transcriptional repressor traM
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / two-helix coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum sensing / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal ...Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LAE / Probable transcriptional activator protein TraR / Probable transcriptional repressor TraM
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, G. / Jeffrey, P.D. / Fuqua, C. / Shi, Y. / Chen, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for antiactivation in bacterial quorum sensing.
著者: Chen, G. / Jeffrey, P.D. / Fuqua, C. / Shi, Y. / Chen, L.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional activator protein traR
B: Probable transcriptional activator protein traR
C: Probable transcriptional repressor traM
D: Probable transcriptional repressor traM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5626
ポリマ－77,0804
非ポリマー4832
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.900, 62.480, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)94.87, 110.45, 99.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional activator protein traR


分子量: 26324.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium sp. (根粒菌) / 株: NGR234 / 遺伝子: traR / プラスミド: pET23b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P55407
#2: タンパク質 Probable transcriptional repressor traM


分子量: 12215.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium sp. (根粒菌) / 株: NGR234 / 遺伝子: traM / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P55408
#3: 化合物 ChemComp-LAE / 3-OXO-OCTANOIC ACID (2-OXO-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL)-AMIDE / N-(3-OXO-OCTANAL-1-YL)-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソオクタノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 241.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 mM DTT, 60 mM HEPES, 120 mM CaCl2, 16.8% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月9日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 55752 / Num. obs: 53940 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 5580 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1L3L

1l3l


解像度: 2→39.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1222632.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2694 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 53915 96.6 %-
all-55735 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8909 Å2 / ksol: 0.336662 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.35 Å20.86 Å26.8 Å2
2---3.77 Å2-1.63 Å2
3---9.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 34 484 5568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 462 5.2 %
Rwork0.403 8393 -
obs-8393 95.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3lae.paramlae.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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