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- PDB-2pzs: Phi29 DNA polymerase complexed with primer-template DNA (post-tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzs
タイトルPhi29 DNA polymerase complexed with primer-template DNA (post-translocation binary complex)
要素
  • 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
  • 5'-d(GACTGCTTAC)-3'
  • DNA polymerase
キーワードREPLICATION / TRANSFERASE/DNA / protein-dna complex / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / viral DNA genome replication / exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TPR 1 domain of DNA polymerase / TPR 1 domain of DNA polymerase / DNA polymerase; domain 5 / DNA-directed DNA polymerase, family B, mitochondria/virus / DNA-directed DNA polymerase, family B, phi29-like virus / DNA polymerase type B, organellar and viral / DNA polymerase; domain 6 / Rhinovirus 14, subunit 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase ...TPR 1 domain of DNA polymerase / TPR 1 domain of DNA polymerase / DNA polymerase; domain 5 / DNA-directed DNA polymerase, family B, mitochondria/virus / DNA-directed DNA polymerase, family B, phi29-like virus / DNA polymerase type B, organellar and viral / DNA polymerase; domain 6 / Rhinovirus 14, subunit 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Berman, A.J. / Kamtekar, S. / Goodman, J.L. / Lazaro, J.M. / de Vega, M. / Blanco, L. / Salas, M. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structures of phi29 DNA polymerase complexed with substrate: the mechanism of translocation in B-family polymerases
著者: Berman, A.J. / Kamtekar, S. / Goodman, J.L. / Lazaro, J.M. / de Vega, M. / Blanco, L. / Salas, M. / Steitz, T.A.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-d(GACTGCTTAC)-3'
Y: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
T: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
U: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
R: 5'-d(GACTGCTTAC)-3'
S: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA polymerase
D: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,64510
ポリマ－293,64510
非ポリマー00
水1,60389
1
X: 5'-d(GACTGCTTAC)-3'
Y: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
A: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9213
ポリマ－74,9213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
T: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
B: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9012
ポリマ－71,9012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
U: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
C: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9012
ポリマ－71,9012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
R: 5'-d(GACTGCTTAC)-3'
S: 5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'
D: DNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9213
ポリマ－74,9213
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.633, 146.292, 115.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly contains one molecule of polymerase bound to primer-template DNA. Each asymmetric unit contains two complete biological assemblies and two complexes in which most of the DNA is disordered.

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(GACTGCTTAC)-3'


分子量: 3019.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖
5'-d(CTAACACGTAAGCAGTC)-3'


分子量: 5180.388 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
DNA polymerase / E.C.2.7.7.7 / Early protein GP2


分子量: 66720.914 Da / 分子数: 4 / Mutation: D12A,D66A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 2, gp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03680, DNA-directed DNA polymerase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, 20% PEG 10000, 200 mM magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2ammonium acetate11
3PEG 400011
4sodium acetate12
5ammonium acetate12
6PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月25日
放射モノクロメーター: double flat Si crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 97325 / Num. obs: 95762 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: copy c of 1XHX without residues 358-394

1xhx


解像度: 2.6→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 25.272 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.012 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27524 9703 10.1 %RANDOM
Rwork0.21872 ---
obs0.22452 85919 98.32 %-
all-97325 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.26 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18487 1207 0 89 19783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02220310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2392.0427657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87333645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77852256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87524.135844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.311153473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0261574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0221250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.24039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.213280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.29459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.210539
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0460.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1881.514756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2211.54610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.491218208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.344211554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8942.59449
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 716 -
Rwork0.362 5998 -
obs--93.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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