PDB-2pz1: Crystal Structure of Auto-inhibited Asef

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pz1

タイトル

Crystal Structure of Auto-inhibited Asef

要素

Rho guanine nucleotide exchange factor 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Helical Bundle / Beta Barrel / Beta Sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

filopodium assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ruffle membrane / G alpha (12/13) signalling events ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Betts, L. / Sondek, J. / Rossman, K.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Release of autoinhibition of ASEF by APC leads to CDC42 activation and tumor suppression.
著者: Mitin, N. / Betts, L. / Yohe, M.E. / Der, C.J. / Sondek, J. / Rossman, K.L.

履歴

登録	2007年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pz1.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pz1.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pz1_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pz1_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	2pz1_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	2pz1_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yzp-d 4dgx-d 4ohh-d 7emn-2 3l8w-d 1um8-d 4nwf-1 7b17-d 5xzr-d 4gwf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (9) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rho guanine nucleotide exchange factor 4

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.418, 79.883, 67.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Rho guanine nucleotide exchange factor 4 / APC-stimulated guanine nucleotide exchange factor / Asef 分子量: 53937.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF4, KIAA1112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q9NR80
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7, 20 % PEG 3350, 200 mM magnesium acetate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID		1	.97925, .97936, .97164
回転陽極			RIGAKU RU300	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2005年2月12日	Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2006年2月15日	Osmic Confocal Blue multi-layer mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Rosenbaum-Rock double Si(220) crystal cryogenically cooled monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	Graphite	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97925	1
2	0.97936	1
3	0.97164	1
4	1.5418	1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 21205 / Num. obs: 20993 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.6 Å² / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 30.2

反射シェル

解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 2069 / R_sym value: 0.412 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.25→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 16.619 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27925	1071	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2174	-	-	-
all	0.22063	20075	-	-
obs	0.22063	19854	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0 Å²	0.14 Å²
2-	-	-1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3330	0	0	100	3430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.063	1.946	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.818	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.483	23.797	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.582	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.336	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.3	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.5	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.298	0.3	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.584	2	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.005	3	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.488	2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.786	3	1341

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	85	-
R_work	0.268	1366	-
obs	-	-	93.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.0201	1.519	-5.2111	10.0457	9.8814	47.0624	-0.7146	-2.5	-3.3208	1.5045	0.5967	-1.9194	-1.3423	-2.1825	0.1179	0.3235	0.2395	-0.1059	0.3515	0.0735	0.0109	19.0245	15.2777	40.221
2	3.7626	-0.9476	0.939	4.2322	0.2728	3.1331	0.1084	-0.1728	0.2024	-0.2575	-0.082	-0.5459	-0.0837	0.2205	-0.0265	-0.2392	-0.0194	0.0503	-0.2495	-0.0352	-0.1598	17.6448	16.3329	23.8018
3	2.4601	-0.6509	0.4754	1.9369	-0.5224	1.5893	-0.0066	0.0194	-0.1464	-0.0227	-0.029	-0.0613	-0.0324	-0.0762	0.0356	-0.1728	-0.036	0.0182	-0.1946	0.0465	-0.2048	0.7459	-0.7524	24.75
4	26.7788	-1.9206	-14.2664	1.913	3.1942	10.2554	1.2966	-2.7043	1.1471	0.5223	-0.0803	-0.829	-0.1584	1.3554	-1.2163	0.0136	-0.1374	-0.0707	0.1929	-0.0533	0.0197	-8.3209	10.2366	29.9004
5	2.37	0.6771	-0.7302	3.0327	0.0347	2.0168	-0.0321	0.2145	-0.383	-0.2029	0.027	-0.4571	-0.0537	0.1943	0.0051	-0.2308	0.0126	0.1073	-0.2111	-0.018	-0.1115	15.3279	-0.4037	20.7993
6	5.166	0.3278	1.6553	7.6776	0.3795	6.5055	-0.3002	0.1043	0.1749	0.0646	0.1726	0.473	-0.8288	0.0532	0.1276	0.0511	-0.0591	0.0367	-0.1959	0.0065	-0.2806	14.9661	24.3354	2.0345
7	10.3548	9.1564	-6.9426	34.6147	2.3864	25.334	0.8003	-0.6184	0.8274	-0.7662	-0.0113	-2.0371	-1.6521	0.5894	-0.7891	0.2131	-0.1405	0.1202	0.0907	0.0455	0.1336	31.0265	37.7192	-0.1163
8	5.004	1.4206	-1.7227	1.4597	-1.9297	7.1826	-0.1271	0.1243	0.1468	0.5666	0.1978	-0.0066	-0.4241	0.4106	-0.0707	0.0496	-0.0968	-0.0085	-0.1104	0.0397	-0.178	21.4687	26.1787	2.1749
9	18.2657	-14.174	-12.5031	16.7273	35.6154	125.7785	0.1289	-1.6888	0.7968	0.9116	1.431	-0.3659	1.0221	2.642	-1.56	0.2945	0.0106	-0.0186	0.1671	-0.0296	0.2695	15.0519	37.2979	12.6268
10	11.1628	-2.5795	-1.9369	3.6891	-0.7172	8.6895	-0.1047	0.5413	0.5087	0.1101	-0.2106	-0.0302	-1.1264	0.212	0.3152	0.1272	-0.2193	-0.0225	-0.1709	0.0413	-0.259	20.3326	28.2507	-2.644
11	74.2756	4.9041	3.8394	4.5784	-8.7152	19.1045	0.3728	-0.6687	-0.8107	0.9811	-0.9627	-0.4627	0.6951	0.2992	0.5899	-0.1071	-0.1284	-0.077	-0.0102	0.0125	0.0157	38.1795	22.9333	-0.2285
12	18.0502	-1.4648	8.5547	11.6956	-4.5844	6.5476	-0.8341	0.9071	0.4792	-0.4189	-0.0442	-0.6852	-1.4659	1.3379	0.8782	-0.0668	-0.361	0	0.5447	0.0844	0.2858	34.5771	27.4327	0.022
13	8.5074	2.5629	4.9986	10.5574	-0.2098	12.3213	-0.2793	0.4326	-1.3496	0.6045	0.5255	-0.464	0.6685	2.1335	-0.2462	-0.0757	0.0326	0.0091	0.2794	-0.0003	0.1436	29.4846	15.8107	4.5444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	182 - 196	16 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	197 - 254	31 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	278 - 404	112 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	405 - 416	239 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	417 - 477	251 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	478 - 506	312 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	507 - 518	341 - 352
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	519 - 532	353 - 366
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	533 - 541	367 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	542 - 550	376 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	551 - 559	385 - 393
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	569 - 591	403 - 425
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	592 - 611	426 - 445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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