+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pz1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Auto-inhibited Asef | ||||||
Components | Rho guanine nucleotide exchange factor 4 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Helical Bundle / Beta Barrel / Beta Sandwich | ||||||
Function / homology | Function and homology information filopodium assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ruffle membrane / G alpha (12/13) signalling events ...filopodium assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ruffle membrane / G alpha (12/13) signalling events / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD, MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Betts, L. / Sondek, J. / Rossman, K.L. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Release of autoinhibition of ASEF by APC leads to CDC42 activation and tumor suppression. Authors: Mitin, N. / Betts, L. / Yohe, M.E. / Der, C.J. / Sondek, J. / Rossman, K.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2pz1.cif.gz | 98.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2pz1.ent.gz | 75.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2pz1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pz1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53937.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ARHGEF4, KIAA1112 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Rosetta / References: UniProt: Q9NR80 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 100 mM HEPES pH 7, 20 % PEG 3350, 200 mM magnesium acetate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. all: 21205 / Num. obs: 20993 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 30.2 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.34 Å / Redundancy: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 2069 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 97.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD, MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 16.619 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.267 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.173 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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