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- PDB-2pyr: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN, 1 NANOSECOND INTERMEDIATE (287K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pyr
タイトルPHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN, 1 NANOSECOND INTERMEDIATE (287K)
要素PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
キーワードPHOTORECEPTOR / LIGHT SENSOR FOR NEGATIVE PHOTOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Perman, B. / Srajer, V. / Ren, Z. / Teng, T.Y. / Pradervand, C. / Ursby, T. / Bourgeois, D. / Schotte, F. / Wulff, M. / Kort, R. ...Perman, B. / Srajer, V. / Ren, Z. / Teng, T.Y. / Pradervand, C. / Ursby, T. / Bourgeois, D. / Schotte, F. / Wulff, M. / Kort, R. / Hellingwerf, K. / Moffat, K.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Energy transduction on the nanosecond time scale: early structural events in a xanthopsin photocycle.
著者: Perman, B. / Srajer, V. / Ren, Z. / Teng, T. / Pradervand, C. / Ursby, T. / Bourgeois, D. / Schotte, F. / Wulff, M. / Kort, R. / Hellingwerf, K. / Moffat, K.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: 1.4 A Structure of Photoactive Yellow Protein, a Cytosolic Photoreceptor: Unusual Fold, Active Site, and Chromophore
著者: Borgstahl, G.E. / Williams, D.R. / Getzoff, E.D.
履歴
登録1998年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIOESTER LINK BETWEEN SG CYS 69 AND C1 HC4 150
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
株: BN9626
解説: 4-HYDROXY CINNAMIC ANHYDRIDE CHROMOPHORE RECONSTITUTION
遺伝子: P16113 / プラスミド: M15-PHISP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 % / 解説: INITIAL PHASES ARE FROM 2PHY
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
22.5 Mammonium sulfate1drop
320 mMsodium phosphate1drop
42.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.3
検出器タイプ: THOMPSON / 検出器: CCD AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 13027 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 14 % / % possible all: 44.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 44.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
XTALVIEW精密化
X-PLOR精密化
LaueViewデータ削減
LaueViewデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→20 Å / % reflection Rfree: 10 % / 交差検証法: FREE-R
詳細: TERWILLIGER/BERENDZEN DIFFERENCE REFINEMENT G RESIDUE IS DARK STRUCTURE, PG R RESIDE IS 1 NANOSECOND STRUCTURE, [PR]. ONLY DIFFERENT CONFORMATIONS AFTER 1 NANOSECOND INCLUDED.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 0 92 1068
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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