PDB-2pym: HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pym

タイトル

HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

要素

PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE / resistance / nelfinavir

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Kozisek, M. / Saskova, K. / Brynda, J. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
著者: Kozisek, M. / Bray, J. / Rezacova, P. / Saskova, K. / Brynda, J. / Pokorna, J. / Mammano, F. / Rulisek, L. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2007年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pym.cif.gz	58 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pym.ent.gz	42.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pynC 2q63C 2q64C 1u8gS 2qak C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z54-d 1hvh-d 4ep3-d 2psu-d 3oxx-1 3sa3-d 8hvp-d 5cop-d 3lzu-d 3t3c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

ヘテロ分子

22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.218, 62.218, 81.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	5	A	A	1 - 99	1 - 99
1	2	PRO	PRO	PHE	PHE	5	B	B	1 - 99	1 - 99
2	1	1UN	1UN	1UN	1UN	4	A	C	1001

詳細

the biological assembly is dimer

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10717.640 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N, N88D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-1UN / 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE / NELFINAVIR MESYLATE AG1343 / (3S,4aβ,8aβ)-N-tert-ブチル-2-[(2R,3R)-2-ヒドロキシ-3-(2-メチル-3-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 567.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₅N₃O₄S コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: reservoir solution: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 5.4 or pH 5.5; drops: 2+1ul (protein+reservoir}; protein: 3-5mg/ml 5-fold molar excess of inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 / 詳細: double crystal monochromator
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→54.23 Å / Num. obs: 16412 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8G

1u8g

解像度: 1.9→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.126 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24378	699	5 %	RANDOM
R_work	0.1927	-	-	-
obs	0.19523	13217	98.46 %	-
all	-	13217	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	40	138	1682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	2.042	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.502	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.177	25.185	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.05	15	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.358	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.588	1.5	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.941	2	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.296	3	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.079	4.5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	396	medium positional	0.05	0.5
2	40	medium positional	0.05	0.5
1	355	loose positional	0.35	5
1	396	medium thermal	0.19	2
2	40	medium thermal	0.18	2
1	355	loose thermal	0.49	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	61	-
R_work	0.235	973	-
obs	-	-	99.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.395	4.0743	1.5678	7.0807	1.1532	18.7631	-0.3217	-0.4564	1.0317	-0.0119	-0.0454	0.617	-1.4204	-1.2192	0.3671	-0.1696	0.0586	-0.1063	-0.0815	-0.0519	-0.1244	-18.402	26.272	25.678
2	9.6766	0.8331	2.0172	3.1154	0.7636	18.9798	-0.3522	-0.0098	1.0082	-0.41	-0.1084	0.4912	-1.8109	-0.6551	0.4606	-0.057	-0.0145	-0.1146	-0.1838	-0.0826	-0.112	-13.545	29.066	28.088
3	13.3438	5.5241	5.4154	3.0642	3.1413	5.1126	-0.2919	0.4054	0.1594	-0.3403	0.1665	0.157	-0.277	0.2548	0.1254	-0.2286	-0.037	-0.0275	-0.226	-0.0177	-0.2391	-20.083	15.991	18.066
4	10.4538	7.3561	5.0652	6.0701	2.9867	4.9122	0.0827	-0.581	0.233	0.1791	-0.2188	0.0576	0.0937	-0.3633	0.136	-0.2562	-0.0163	-0.0347	-0.1944	-0.0178	-0.2564	-3.798	25.385	35.698
5	18.9379	-1.8535	6.9484	5.7711	-1.142	8.4575	0.3384	2.7585	-1.791	-0.6232	0.235	-0.1532	0.2749	1.4174	-0.5734	-0.072	0.0248	0.0329	0.2334	-0.3155	0.0401	-11.566	8.858	12.928
6	7.4165	4.2479	1.8135	19.4137	6.4999	7.5242	1.0763	-1.1187	-0.9235	2.3487	-0.6763	-1.4172	1.392	-0.4296	-0.4	0.1625	-0.116	-0.2711	0.0084	0.1837	0.0262	-1.799	14.414	40.843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	86 - 99	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 9	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	86 - 99	86 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	10 - 32	10 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	63 - 85	63 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 32	10 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	63 - 85	63 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 62	33 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	33 - 62	33 - 62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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