[日本語] English
万見
- PDB-2pyg: Azotobacter vinelandii Mannuronan C-5 epimerase AlgE4 A-module -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pyg
タイトルAzotobacter vinelandii Mannuronan C-5 epimerase AlgE4 A-module
要素Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
キーワードISOMERASE / beta-helix / epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site ...: / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannuronan C5-epimerase AlgE4
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Bjerkan, T.M. / Kalk, K.H. / Ertesvag, H. / Holtan, S. / Aachmann, F.L. / Valla, S. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Mutational Characterization of the Catalytic A-module of the Mannuronan C-5-epimerase AlgE4 from Azotobacter vinelandii.
著者: Rozeboom, H.J. / Bjerkan, T.M. / Kalk, K.H. / Ertesvag, H. / Holtan, S. / Aachmann, F.L. / Valla, S. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2007年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
B: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0195
ポリマ－79,8462
非ポリマー1723
水9,206511
1
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0553
ポリマ－39,9231
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9632
ポリマ－39,9231
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.953, 121.346, 44.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-668-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4 / Mannuronan epimerase 4


分子量: 39923.180 Da / 分子数: 2 / 断片: A-module / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: algE4 / プラスミド: pTB26 derivative of pTYB5 (NEB) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q44493, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6-1.7 M Malonate, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月5日 / 詳細: Franks mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 51691 / Num. obs: 51691 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4598 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2624 4.7 %random
Rwork0.194 ---
all-51623 --
obs-51623 91.5 %-
溶媒の処理Bsol: 60.277 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.403 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.531 Å20 Å20 Å2
2--7.321 Å20 Å2
3----12.852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5579 0 8 511 6098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.287
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る