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- PDB-2pyf: Crystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pyf
タイトルCrystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound to pMHC RevealNative Diagonal Binding Geometry Unbound TCR Clone 5-1
要素(T-Cell Receptor, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-CELL RECEPTOR / CDR3 / PHAGE DISPLAY / MUTANT / HIGH AFFINITY / NY-ESO-1
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / T cell receptor alpha chain constant / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sami, M. / Rizkallah, P.J. / Dunn, S. / Li, Y. / Moysey, R. / Vuidepot, A. / Baston, E. / Todorov, P. / Molloy, P. / Gao, F. ...Sami, M. / Rizkallah, P.J. / Dunn, S. / Li, Y. / Moysey, R. / Vuidepot, A. / Baston, E. / Todorov, P. / Molloy, P. / Gao, F. / Boulter, J.M. / Jakobsen, B.K.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of high affinity human T-cell receptors bound to peptide major histocompatibility complex reveal native diagonal binding geometry
著者: Sami, M. / Rizkallah, P.J. / Dunn, S. / Molloy, P. / Moysey, R. / Vuidepot, A. / Baston, E. / Todorov, P. / Yi, L. / Gao, F. / Boulter, J.M. / Jakobsen, B.K.
履歴
登録2007年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999Sequence No suitable database reference was found for Chains A and B at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-Cell Receptor, Alpha Chain
B: T-Cell Receptor, Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,82913
ポリマ－49,4582
非ポリマー1,37111
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.964, 59.805, 81.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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T-Cell Receptor, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-Cell Receptor, Alpha Chain


分子量: 22437.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGMT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PIZ8, UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 T-Cell Receptor, Beta Chain


分子量: 27020.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGMT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6NS87

-
非ポリマー , 4種, 171分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日 / 詳細: MIRROR + MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 20741 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 2196 / Num. unique all: 701 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BNR

2bnr


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.783 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29484 1064 5.2 %RANDOM
Rwork0.20919 ---
obs0.21348 19532 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.403 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å21.45 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 83 160 3721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9634953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7223.0035977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2695446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.47824.706170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.815564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.7721519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.3768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.32694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.51680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.51767
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.5262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0750.55
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.77122335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6682892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.10233619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.79541548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.77261334
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 74 -
Rwork0.293 1332 -
obs--89.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48640.446-0.98843.5649-1.05333.02130.01390.6428-0.0277-0.10650.19340.3598-0.193-0.4267-0.2073-0.16290.0051-0.03090.07550.0178-0.1277-15.80731.69757.453
22.58950.7303-0.48515.1626-0.2113.65320.1205-0.3988-0.02290.1008-0.079-0.0479-0.19160.0242-0.0415-0.1284-0.01630.0357-0.0979-0.0072-0.08540.8308-15.318833.5713
32.2285-0.28781.40512.511-0.00935.4619-0.0580.1259-0.0227-0.01450.25790.0994-0.6028-0.0055-0.1999-0.05880.0140.0417-0.09610.0432-0.07190.829616.43539.7467
42.1004-0.1024-1.12751.9398-0.39991.75480.0337-0.08170.05360.10630.0074-0.12-0.10670.129-0.0411-0.11890.0054-0.0431-0.0577-0.0059-0.092512.4177-7.795826.0383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1121 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2AA120 - 200120 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1131 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4BB120 - 241120 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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