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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2py0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cs1 pilin chimera | ||||||
![]() | Fimbrial protein | ||||||
![]() | CELL ADHESION / TYPE IV PILUS / CONSENSUS SEQUENCE / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / MONOMERIC PILIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kao, D.J. / Churchill, M.E. / Hodges, R.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Animal Protection and Structural Studies of a Consensus Sequence Vaccine Targeting the Receptor Binding Domain of the Type IV Pilus of Pseudomonas aeruginosa. 著者: Kao, D.J. / Churchill, M.E. / Irvin, R.T. / Hodges, R.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dzoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12292.838 Da / 分子数: 1 / 変異: T136K, E141P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 60% sat. Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES., pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97948 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 21880 / Num. obs: 21824 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 14.931 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 42.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2159 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DZO, residues 25-127, backbone atoms only. 解像度: 1.35→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.899 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.934 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.135 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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