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- PDB-2pwz: Crystal structure of the apo form of E.Coli malate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pwz
タイトルCrystal structure of the apo form of E.Coli malate dehydrogenase
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / APO FORM OF E.COLI MALATE DEHYDROGENASE IN SPACE GROUP C2
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Soderberg, C.A.G. / Clarke, T.A. / Richardson, D.J. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of the apo form of E.Coli malate dehydrogenase in space group C2
著者: Soderberg, C.A.G. / Clarke, T.A. / Richardson, D.J. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
E: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4734
ポリマ-129,4734
非ポリマー00
7,170398
1
A: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7362
ポリマ-64,7362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
2
E: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7362
ポリマ-64,7362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.466, 52.485, 170.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS FOUR MALATE DEHYDROGENASE POLYPEPTIDES ARRANGED AS TWO HOMODIMERS

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要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 32368.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (W/V) PEG 10000, 100 mM SODIUM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月29日
詳細: double crystal Si(III) monochromator with horizontal saggital focusing system, Rh coated mirror for vertical focusing
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 63286 / Num. obs: 63286 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.323.20.4111.52751586510.41192.5
2.32-2.463.30.2962.42808384270.29694.9
2.46-2.633.30.2293.12713281340.22996.9
2.63-2.843.40.1853.62619376910.18598.9
2.84-3.113.50.1434.62550871940.14399.8
3.11-3.483.70.1115.52397865190.111100
3.48-4.023.70.096.72133357540.09100
4.02-4.923.70.0826.71819349110.082100
4.92-6.963.70.0757.21408438220.075100
6.96-71.613.50.076.8771621830.0799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IE3
解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 5.729 / SU ML: 0.148 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3211 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.201 63286 --
obs0.201 63286 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å20 Å20.04 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9060 0 0 398 9458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.98912445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9251243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50226.074326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.309151593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9671532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.24318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.26296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7821.56338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28729817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16233163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4514.52626
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 231 -
Rwork0.231 4052 -
obs-4283 90.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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