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万見
- PDB-2pvx: NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvx
タイトルNMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / chimeric / Pyrococcus furiosus
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Wang, L. / LeMaster, D.M. / Hernandez, G. / Li, H.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: NMR and X-ray analysis of structural additivity in metal binding site-swapped hybrids of rubredoxin
著者: Lemaster, D.M. / Anderson, J.S. / Wang, L. / Guo, Y. / Li, H. / Hernandez, G.
履歴
登録2007年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
B: Rubredoxin
C: Rubredoxin
D: Rubredoxin
E: Rubredoxin
F: Rubredoxin
G: Rubredoxin
H: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02516
ポリマ－48,5028
非ポリマー5238
水11,944663
1
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1282
ポリマ－6,0631
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.260, 45.840, 95.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Rubredoxin / Rd


分子量: 6062.743 Da / 分子数: 8 / 変異: A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.8577 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8577 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→50 Å / Num. all: 187203 / Num. obs: 177843 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 7.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.04→1.08 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BQ8

1bq8


解像度: 1.04→10 Å / Data cutoff high absF: 928479.91 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 --RANDOM
Rwork0.139 ---
all0.139 ---
obs0.139 167333 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6592 0 8 686 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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