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- PDB-2ptm: Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ptm
タイトルStructure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels
要素Hyperpolarization-activated (Ih) channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / cyclic nucleotide binding domain / C-linker / cAMP / cGMP / spHCN1 / HCN
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channel complex / regulation of membrane depolarization / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / COBALT HEXAMMINE(III) / Hyperpolarization-activated (Ih) channel
類似検索 - 構成要素
生物種Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Flynn, G.E. / Black, K.D. / Islas, L.D. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels.
著者: Flynn, G.E. / Black, K.D. / Islas, L.D. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2007年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年7月28日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyperpolarization-activated (Ih) channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7833
ポリマ－23,2931
非ポリマー4902
水3,675204
1
A: Hyperpolarization-activated (Ih) channel
ヘテロ分子

A: Hyperpolarization-activated (Ih) channel
ヘテロ分子

A: Hyperpolarization-activated (Ih) channel
ヘテロ分子

A: Hyperpolarization-activated (Ih) channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,13212
ポリマ－93,1704
非ポリマー1,9618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area12000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area35900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.354, 92.354, 63.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A--

HOH

21A-1-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: Symmetry operation Symm. ID. (Pisa) x,y,z 1_555 -y+1/2,x+1/2,z 3_555 y-1/2,-x+1/2,z 4_455 -x,-y+1,z 2_565

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要素

#1: タンパク質 Hyperpolarization-activated (Ih) channel


分子量: 23292.576 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal region (residues 470-665) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
プラスミド: pHMalc2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21 (DE3) / 参照: UniProt: O76977
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 % w/v PEG 6000, 0.5 M NaCl, 20 % glycerol, 0.1 M HEPES, 10 mM hexamine cobalt trichloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97935
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月14日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 21275 / Num. obs: 21201 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 2077 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1q5o

1q5o


解像度: 1.93→29.205 Å / FOM work R set: 0.852 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1089 5.14 %
Rwork0.187 --
all-21201 -
obs-21201 99.7 %
溶媒の処理Bsol: 79.142 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.94 Å2 / Biso mean: 41.33 Å2 / Biso min: 11.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.473 Å20 Å2-0 Å2
2--1.473 Å20 Å2
3----2.945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→29.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 29 204 1777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.6331
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041
X-RAY DIFFRACTIONfHIRAL0.0511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4741
X-RAY DIFFRACTIONfLANE0.0021
X-RAY DIFFRACTIONfonbonded4.2661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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