PDB-2pta: PANDINUS TOXIN K-A (PITX-KA) FROM PANDINUS IMPERATOR, NMR, 20 STR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pta

タイトル

PANDINUS TOXIN K-A (PITX-KA) FROM PANDINUS IMPERATOR, NMR, 20 STRUCTURES

要素

PANDINUS TOXIN K-ALPHA

キーワード

NEUROTOXIN / POTASSIUM CHANNEL BLOCKERS / NMR SOLUTION STRUCTURE / ALPHA-K TOXIN FAMILY / SCORPION TOXIN

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 7.1

機能・相同性情報

生物種

Pandinus imperator (サソリ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Tenenholz, T.C. / Rogowski, R.S. / Collins, J.H. / Blaustein, M.P. / Weber, D.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure for Pandinus toxin K-alpha (PiTX-K alpha), a selective blocker of A-type potassium channels.
著者: Tenenholz, T.C. / Rogowski, R.S. / Collins, J.H. / Blaustein, M.P. / Weber, D.J.

履歴

登録	1996年11月26日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月25日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pta.cif.gz	217.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pta.ent.gz	179.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2pta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2pta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hd6-d 1c2u-d 2crd-d 1hp2-d 1ery-d 1sxm-d 1bah-d 5fzw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PANDINUS TOXIN K-ALPHA

4.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	NO DISTANCE VIOLATIONS GREATER THAN 0.30 ANGSTROMS, NO ANGULAR VIOLATIONS > 5 DEG, TOTAL ENERGY < 120 KCAL/MOL
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PANDINUS TOXIN K-ALPHA / PITX-KA / A-KTX5.1 分子量: 4048.825 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLETE PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pandinus imperator (サソリ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PSR9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P55927
Has protein modification	Y

#1: タンパク質・ペプチド

PANDINUS TOXIN K-ALPHA / PITX-KA / A-KTX5.1

分子量: 4048.825 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLETE PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pandinus imperator (サソリ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PSR9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P55927

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	ROESY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	DQF-COSY
1	5	1	AND P.E.COSY
1	6	1	Y
1	7	1	TOCSY

-
試料調製

試料状態	pH: 3.45 / 温度: 310 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX 600 / 磁場強度: 600.13 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: 295 NOE DISTANCE CONSTRAINTS, 9 H-BONDS, 9 CHI ANGLE CONSTRAINTS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO DISTANCE VIOLATIONS GREATER THAN 0.30 ANGSTROMS, NO ANGULAR VIOLATIONS > 5 DEG, TOTAL ENERGY < 120 KCAL/MOL
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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