PDB-2pt7: Crystal structure of Cag VirB11 (HP0525) and an inhibitory protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pt7

タイトル

Crystal structure of Cag VirB11 (HP0525) and an inhibitory protein (HP1451)

要素

Cag-alfa
Hypothetical protein

キーワード

hydrolase/protein binding / ATPase / Protein-Protein complex / Type IV secretion / hydrolase-protein binding COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

secretion by the type IV secretion system / type IV secretion system complex / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hare, S. / Fischer, W. / Williams, R. / Terradot, L. / Bayliss, R. / Haas, R. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Identification, structure and mode of action of a new regulator of the Helicobacter pylori HP0525 ATPase.
著者: Hare, S. / Fischer, W. / Williams, R. / Terradot, L. / Bayliss, R. / Haas, R. / Waksman, G.

履歴

登録	2007年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pt7.cif.gz	434 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pt7.ent.gz	355.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pt7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pt7_validation.pdf.gz	493 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pt7_full_validation.pdf.gz	533.4 KB	表示
XML形式データ	2pt7_validation.xml.gz	82.8 KB	表示
CIF形式データ	2pt7_validation.cif.gz	114.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2pt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2pt7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g6oS 1nly 1nlz 1opx 2gza S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d72-1 5vlb-d 3kum-d 5vlc-d 3k1g-d 3git-d 3cb3-3 5inf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cag-alfa

B: Cag-alfa

C: Cag-alfa

D: Cag-alfa

E: Cag-alfa

F: Cag-alfa

G: Hypothetical protein

H: Hypothetical protein

261 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.851, 86.900, 104.129
Angle α, β, γ (deg.)	111.04, 95.98, 104.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F
1	4	G
2	4	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	HOH	HOH	1	A	A - I	6 - 331	6
2	1	LEU	LEU	HOH	HOH	1	D	D - L	6 - 331	6
1	2	LYS	LYS	HOH	HOH	1	B	B - J	21 - 331	21
2	2	LYS	LYS	HOH	HOH	1	E	E - M	21 - 331	21
1	3	GLU	GLU	HOH	HOH	1	C	C - K	22 - 331	22
2	3	GLU	GLU	HOH	HOH	1	F	F - N	22 - 331	22
1	4	LYS	LYS	ASN	ASN	2	G	G	115 - 259	3 - 147
2	4	LYS	LYS	ASN	ASN	2	H	H	115 - 259	3 - 147

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Cag-alfa / Cag alpha / VirB11 homolog / Cag pathogenicity island protein 分子量: 37632.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: cag-alfa, cag-alpha / プラスミド: pCDF / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7BK04
#2: タンパク質	Hypothetical protein / HP1451 分子量: 17578.242 Da / 分子数: 2 / Fragment: residue 113-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP1451 / プラスミド: pET 151 D TOPO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25990
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM Mes, 8% polyethylene glycol 8,000, 10mM ethylene-diamine-tetra-acetic acid, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9759 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→94.916 Å / Num. all: 104768 / Num. obs: 100842 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.243 / % possible all: 96.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	38.56 Å
Translation	4 Å	38.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G6O

1g6o

解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 18.036 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26966	5056	5 %	RANDOM
R_work	0.22986	-	-	-
obs	0.23185	95786	96.27 %	-
all	-	104768	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	-0.01 Å²	0.26 Å²
2-	-	0.45 Å²	0.1 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17207	0	0	687	17894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	17544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.952	23660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.609	5	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.172	24.42	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.584	15	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.29	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	7569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	11847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.086	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.589	1.5	11077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.92	2	17382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.999	3	7238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.643	4.5	6278
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2557	tight positional	0.05	0.05
2	B	2454	tight positional	0.02	0.05
3	C	2441	tight positional	0.04	0.05
4	G	580	tight positional	0.05	0.05
4	G	544	medium positional	0.25	0.5
1	A	2557	tight thermal	0.05	0.5
2	B	2454	tight thermal	0.49	0.5
3	C	2441	tight thermal	0.04	0.5
4	G	580	tight thermal	0.75	0.5
4	G	544	medium thermal	0.98	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	363	-
R_work	0.27	7073	-
obs	-	-	96.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8327	-0.1216	0.5898	0.5566	-0.0518	0.4199	-0.0462	0.1472	0.1469	-0.0024	-0.0499	-0.1072	0.0067	0.128	0.096	-0.0587	-0.0257	0.0119	-0.0217	0.0827	-0.0725	11.324	16.38	-25.207
2	0.4026	0.1756	-0.0477	0.9612	-0.7408	0.7802	0.0219	0.0844	-0.0083	-0.0782	0.0563	0.1364	0.1115	-0.0888	-0.0783	-0.0311	-0.0098	-0.0011	-0.1026	-0.02	-0.161	-9.242	-10.302	-31.024
3	0.8334	0.0296	0.2415	0.7506	-0.3815	0.9182	0.0308	0.0656	-0.0118	0.0802	0.0514	0.1784	0.0079	-0.0101	-0.0823	-0.0913	-0.0603	0.0409	-0.1132	-0.0096	-0.0855	-19.191	-27.95	-5.005
4	0.3797	-0.3269	-0.199	0.675	0.4109	0.2796	-0.0774	-0.0374	0.0106	0.0607	0.0318	0.0374	0.0313	0.0587	0.0456	-0.0356	-0.0069	0.0505	-0.0589	0.0245	-0.1466	-13.229	-15.085	25.822
5	1.2669	0.3542	-0.7812	0.6413	-0.2087	0.9298	0.0782	-0.1648	0.2384	0.1185	0.036	-0.0445	-0.1444	0.2061	-0.1143	-0.0404	-0.0508	-0.0135	0.0124	-0.077	-0.0609	7.558	11.652	31.851
6	1.0516	0.1106	-0.4566	0.6784	0.1791	0.7467	0.042	0.004	0.2788	0.0689	0.0322	0.1082	0.02	0.0135	-0.0742	-0.0325	-0.0752	-0.0158	-0.1113	0.0157	0.0169	22.072	25.674	5.606
7	3.171	-0.689	-1.0118	4.8111	0.3272	1.6333	-0.0381	-0.1257	-0.3022	0.0751	-0.1484	0.3344	0.0655	-0.2749	0.1865	-0.0975	0.0563	0.0077	-0.0125	-0.034	0.0369	-23.292	21.569	-19.596
8	5.5674	-0.8435	0.619	3.5978	-0.632	2.7953	-0.1383	0.0082	0.5941	-0.1032	-0.0144	-0.3201	-0.2765	0.0899	0.1528	-0.0445	0.0464	-0.0465	-0.1013	0.0069	0.0766	-26.723	17.114	20.219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 328	6 - 328
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	21 - 328	21 - 328
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	22 - 328	22 - 328
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	6 - 328	6 - 328
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	21 - 328	21 - 328
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	22 - 328	22 - 328
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	115 - 259	3 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	115 - 259	3 - 147

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