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- PDB-2pt7: Crystal structure of Cag VirB11 (HP0525) and an inhibitory protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pt7
タイトルCrystal structure of Cag VirB11 (HP0525) and an inhibitory protein (HP1451)
要素
  • Cag-alfa
  • Hypothetical protein
キーワードhydrolase/protein binding / ATPase / Protein-Protein complex / Type IV secretion / hydrolase-protein binding COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


secretion by the type IV secretion system / type IV secretion system complex / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #180 / HP1451, C-terminal / HP1451 C-terminal domain / RNA-binding protein KhpB, N-terminal / Jag, KH domain / Jag, N-terminal domain superfamily / RNA-binding protein KhpB / Jag N-terminus / Jag_N / Type IV secretion system protein VirB11 ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #180 / HP1451, C-terminal / HP1451 C-terminal domain / RNA-binding protein KhpB, N-terminal / Jag, KH domain / Jag, N-terminal domain superfamily / RNA-binding protein KhpB / Jag N-terminus / Jag_N / Type IV secretion system protein VirB11 / Beta-Lactamase - #90 / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / K homology (KH) domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Beta-Lactamase / K homology domain-like, alpha/beta / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein KhpB N-terminal domain-containing protein / Cag alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hare, S. / Fischer, W. / Williams, R. / Terradot, L. / Bayliss, R. / Haas, R. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Identification, structure and mode of action of a new regulator of the Helicobacter pylori HP0525 ATPase.
著者: Hare, S. / Fischer, W. / Williams, R. / Terradot, L. / Bayliss, R. / Haas, R. / Waksman, G.
履歴
登録2007年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cag-alfa
B: Cag-alfa
C: Cag-alfa
D: Cag-alfa
E: Cag-alfa
F: Cag-alfa
G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,9548
ポリマ－260,9548
非ポリマー00
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.851, 86.900, 104.129
Angle α, β, γ (deg.)111.04, 95.98, 104.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F
14G
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUHOHHOH1AA - I6 - 3316
21LEULEUHOHHOH1DD - L6 - 3316
12LYSLYSHOHHOH1BB - J21 - 33121
22LYSLYSHOHHOH1EE - M21 - 33121
13GLUGLUHOHHOH1CC - K22 - 33122
23GLUGLUHOHHOH1FF - N22 - 33122
14LYSLYSASNASN2GG115 - 2593 - 147
24LYSLYSASNASN2HH115 - 2593 - 147

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Cag-alfa / Cag alpha / VirB11 homolog / Cag pathogenicity island protein


分子量: 37632.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: cag-alfa, cag-alpha / プラスミド: pCDF / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7BK04
#2: タンパク質 Hypothetical protein / HP1451


分子量: 17578.242 Da / 分子数: 2 / Fragment: residue 113-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP1451 / プラスミド: pET 151 D TOPO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25990
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM Mes, 8% polyethylene glycol 8,000, 10mM ethylene-diamine-tetra-acetic acid, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9759 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→94.916 Å / Num. all: 104768 / Num. obs: 100842 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 96.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å38.56 Å
Translation4 Å38.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G6O

1g6o


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 18.036 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26966 5056 5 %RANDOM
Rwork0.22986 ---
obs0.23185 95786 96.27 %-
all-104768 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.01 Å20.26 Å2
2--0.45 Å20.1 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17207 0 0 687 17894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02217544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.95223660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60952158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17224.42819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.584153187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.291592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.27569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.211847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2907
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5891.511077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92217382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99937238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6434.56278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2557tight positional0.050.05
2B2454tight positional0.020.05
3C2441tight positional0.040.05
4G580tight positional0.050.05
4G544medium positional0.250.5
1A2557tight thermal0.050.5
2B2454tight thermal0.490.5
3C2441tight thermal0.040.5
4G580tight thermal0.750.5
4G544medium thermal0.982
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 363 -
Rwork0.27 7073 -
obs--96.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8327-0.12160.58980.5566-0.05180.4199-0.04620.14720.1469-0.0024-0.0499-0.10720.00670.1280.096-0.0587-0.02570.0119-0.02170.0827-0.072511.32416.38-25.207
20.40260.1756-0.04770.9612-0.74080.78020.02190.0844-0.0083-0.07820.05630.13640.1115-0.0888-0.0783-0.0311-0.0098-0.0011-0.1026-0.02-0.161-9.242-10.302-31.024
30.83340.02960.24150.7506-0.38150.91820.03080.0656-0.01180.08020.05140.17840.0079-0.0101-0.0823-0.0913-0.06030.0409-0.1132-0.0096-0.0855-19.191-27.95-5.005
40.3797-0.3269-0.1990.6750.41090.2796-0.0774-0.03740.01060.06070.03180.03740.03130.05870.0456-0.0356-0.00690.0505-0.05890.0245-0.1466-13.229-15.08525.822
51.26690.3542-0.78120.6413-0.20870.92980.0782-0.16480.23840.11850.036-0.0445-0.14440.2061-0.1143-0.0404-0.0508-0.01350.0124-0.077-0.06097.55811.65231.851
61.05160.1106-0.45660.67840.17910.74670.0420.0040.27880.06890.03220.10820.020.0135-0.0742-0.0325-0.0752-0.0158-0.11130.01570.016922.07225.6745.606
73.171-0.689-1.01184.81110.32721.6333-0.0381-0.1257-0.30220.0751-0.14840.33440.0655-0.27490.1865-0.09750.05630.0077-0.0125-0.0340.0369-23.29221.569-19.596
85.5674-0.84350.6193.5978-0.6322.7953-0.13830.00820.5941-0.1032-0.0144-0.3201-0.27650.08990.1528-0.04450.0464-0.0465-0.10130.00690.0766-26.72317.11420.219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 3286 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2BB21 - 32821 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3CC22 - 32822 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 3286 - 328
5X-RAY DIFFRACTION5EE21 - 32821 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6FF22 - 32822 - 328
7X-RAY DIFFRACTION7GG115 - 2593 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8HH115 - 2593 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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