PDB-2psv: Crystal Structure of wild type HIV-1 protease in complex with CAR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2psv

タイトル

Crystal Structure of wild type HIV-1 protease in complex with CARB-KB45

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / Protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2007
タイトル: Design of Mutation-resistant HIV Protease Inhibitors with the Substrate Envelope Hypothesis.
著者: Chellappan, S. / Kiran Kumar Reddy, G.S. / Ali, A. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Altman, M.D. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2007年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2psv.cif.gz	59.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2psv.ent.gz	44.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2psv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2psv_validation.pdf.gz	763.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2psv_full_validation.pdf.gz	763.4 KB	表示
XML形式データ	2psv_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	2psv_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2psuC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nxl-d 4q1y-d 3o9d-d 2qi1-d 4djq-d 6dh7-d 1t3r-d 7hvp-d 3ekv-d 2fgu-d 2qi6-d 4eq0-d 1d4k-d 6oxo-d 3r4b-d 3bgc-d 4njt-1 1hpo-d 2qi7-d 6pjf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.692, 57.593, 61.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: O38707*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MUV / N-{(1S,2R)-1-BENZYL-3-[(CYCLOPROPYLMETHYL)(2-FURYLSULFONYL)AMINO]-2-HYDROXYPROPYL}-N'-METHYLSUCCINAMIDE 分子量: 477.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₁N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Sodium Phosphate, 63mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月21日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 19450 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.1

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.75→42.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.679 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2076	937	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16527	-	-	-
all	0.16737	-	-	-
obs	0.16737	17590	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	52	195	1735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	2.015	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.317	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.288	25.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.117	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.583	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.179	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	1.5	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.098	1.5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.684	2	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.022	3	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.575	4.5	562

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	51	-
R_work	0.224	1054	-
obs	-	-	81.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2112	-0.5325	-0.4928	4.2021	0.1894	3.2276	-0.044	-0.1856	0.0591	0.1895	-0.0231	0.0107	-0.0754	-0.0807	0.0672	-0.0401	0.0367	-0.0049	-0.0197	-0.0072	-0.1114	21.3	25.8675	29.362
2	3.4845	-2.4331	0.118	2.7786	0.1047	4.7668	-0.0502	-0.0514	-0.2736	0.0617	0.0809	0.2037	0.2033	-0.0291	-0.0307	-0.041	-0.0096	0.0201	-0.0918	0.025	-0.0243	19.8097	17.7013	23.2792
3	2.8746	1.5332	0.8953	2.7102	-0.2055	1.2818	-0.047	0.0374	-0.0443	-0.0263	-0.0238	-0.0366	-0.0898	-0.0647	0.0708	-0.0354	0.0096	-0.0173	-0.0481	0.0069	-0.0542	27.7739	28.1882	18.9759
4	4.5593	-0.747	1.4945	4.5346	0.4411	1.8091	0.098	-0.0705	-0.0801	-0.1394	0.048	0.1647	-0.0454	-0.0005	-0.1461	-0.0403	0.0081	0.0013	-0.0495	0.0172	-0.064	12.7872	26.707	18.6861
5	12.8884	2.847	-5.6523	4.5908	-0.4609	8.5335	-0.1215	-0.4956	-0.28	0.2575	-0.0964	-0.7989	0.0034	0.4102	0.2179	-0.0707	0.006	-0.0746	-0.0906	0.0484	0.0722	39.1688	30.5986	23.6957
6	3.2817	0.8943	-5.7229	9.1687	0.7007	10.5522	0.2924	0.3044	-0.4039	-0.5479	-0.0386	1.1669	-0.2432	-0.9519	-0.2538	-0.0619	0.0041	-0.0497	0.0241	0.0089	0.1452	2.3691	21.7031	18.2135
7	5.1136	-0.5768	-0.123	1.6274	2.3123	5.4172	0.1133	0.139	0.2457	-0.0438	-0.0208	-0.275	-0.1481	0.4312	-0.0924	-0.0383	-0.0075	0.0066	-0.008	0.064	-0.0046	39.3896	30.9839	10.3211
8	6.5146	-0.0798	-1.8133	2.1837	2.318	3.9031	0.1313	0.2165	-0.0114	-0.0198	-0.0518	0.2236	0.2004	-0.4452	-0.0795	-0.0694	-0.0173	-0.0117	0.0159	0.0775	-0.0414	0.3959	33.8599	13.6245
9	11.9775	-2.4117	-2.4944	1.4706	-0.9531	3.5747	-0.0255	0.0086	-0.0973	-0.0099	-0.0045	0.0399	-0.0081	0.052	0.03	-0.0264	0.0129	-0.0029	-0.0428	-0.0092	-0.0702	27.0101	30.6179	4.7326
10	3.7082	-1.8768	-1.687	4.5598	-1.1528	2.9828	-0.0218	-0.0407	0.1361	-0.1509	0.1198	-0.0127	0.0494	0.0254	-0.098	-0.0359	0.0001	-0.0024	-0.045	0.006	-0.0562	12.6803	38.9592	11.3742
11	0.2864	0.5908	-0.726	3.1857	0.4814	3.8315	0.0419	0.0504	0.0358	0.0007	-0.0747	0.2711	-0.2434	0.0376	0.0328	-0.0295	0.0027	-0.0058	-0.0199	0.0268	-0.0026	29.2879	32.6916	14.6951
12	5.1675	-2.9139	4.005	5.459	-4.089	5.0906	0.3279	0.3414	-0.1741	-0.2955	-0.0538	0.2188	0.4214	0.2492	-0.2741	-0.0211	-0.0007	-0.0296	-0.0601	-0.0025	-0.0479	10.4918	29.1742	12.753
13	2.3765	-0.1334	-0.3301	2.1242	0.3803	1.9686	0.0194	0.001	-0.1053	-0.0484	-0.0109	-0.0913	-0.0659	0.1492	-0.0085	-0.0297	0.0024	-0.0002	-0.0527	0.0106	-0.0136	28.9924	19.5604	19.6779
14	3.8913	-1.0617	-3.8985	4.073	-1.8907	6.2128	-0.396	-0.4322	-0.0799	0.0387	0.3569	0.3401	0.0082	-0.0338	0.0391	-0.0211	0.0476	0.0237	0.0041	0.0256	-0.0429	11.9834	28.6776	27.1559
15	2.7174	-4.8025	7.4836	12.6913	-12.3093	20.8099	0.3428	0.3087	-0.5149	-0.3344	-0.4416	-0.0215	0.3598	0.4997	0.0987	-0.0953	0.0571	0.0662	0.0081	0.0265	0.0149	39.0024	23.044	10.3718
16	7.6921	4.7096	-3.8046	12.0093	-7.1637	14.0116	0.2299	-0.2366	0.2024	0.3745	0.1483	0.2104	-0.4073	-0.2747	-0.3782	-0.1067	0.0484	0.0188	-0.0508	0.0591	0.0152	1.491	36.314	21.2615
17	12.9127	0.247	-10.1199	4.4116	-1.4452	33.0381	0.1326	0.0792	0.8778	0.2976	0.283	-0.2275	-0.0197	0.1154	-0.4156	-0.0984	-0.0209	-0.0524	-0.1225	0.0227	0.0083	37.2549	24.1857	23.7
18	15.7905	-13.4913	5.8222	20.9698	-3.3296	2.4333	-0.2613	0.5689	-0.1286	0.3607	0.1396	0.0712	0.4833	0.0238	0.1217	-0.0359	0.0368	0.0369	0.0291	0.0501	-0.0119	3.6761	23.4174	24.629
19	1.3889	-0.6409	0.3725	4.2938	-1.6589	4.1762	0.1205	0.1114	-0.015	-0.0467	-0.0945	-0.1662	0.1956	0.2647	-0.026	-0.0856	-0.0021	0.0063	-0.0432	0.0025	-0.0189	36.3203	21.6049	18.0615
20	1.4904	1.3077	-3.2459	2.7758	-2.8061	7.0703	0.0289	-0.062	0.05	-0.0401	0.1048	0.4466	0.0374	0.032	-0.1336	-0.0601	0.037	-0.0064	-0.0203	0.0497	0.0253	4.431	29.5764	25.0492
21	10.3834	-4.461	-4.2373	3.3741	-2.3114	13.4428	0.4729	0.012	0.3447	-0.3582	-0.3448	-0.1267	0.4625	0.0259	-0.1281	0.0071	0.0331	-0.0032	-0.0236	0.0072	-0.0347	19.8503	29.5051	13.7534

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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