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- PDB-2psm: Crystal structure of Interleukin 15 in complex with Interleukin 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2psm
タイトルCrystal structure of Interleukin 15 in complex with Interleukin 15 receptor alpha
要素
  • Interleukin-15
  • Interleukin-15 receptor alpha chain
キーワードCYTOKINE / Glycoprotein / Secreted / Alternative splicing / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Nucleus / Phosphorylation / Receptor / Sushi / Transmembrane / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / hyaluronan metabolic process / Interleukin-15 signaling / positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / skeletal muscle atrophy / : / cytokine receptor binding ...NK T cell proliferation / extrathymic T cell selection / positive regulation of protein O-linked glycosylation / hyaluronan metabolic process / Interleukin-15 signaling / positive regulation of natural killer cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / skeletal muscle atrophy / : / cytokine receptor binding / cellular response to vitamin D / regulation of defense response to virus by host / neutrophil activation / interleukin-15-mediated signaling pathway / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of natural killer cell proliferation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of T cell differentiation / positive regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / macrophage differentiation / lymph node development / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / negative regulation of neuron projection development / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / membrane => GO:0016020 / nuclear speck / inflammatory response / immune response / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) ...: / Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Interleukin-15 / Interleukin-15 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Olsen, S.K. / Murayama, K. / Kishishita, S. / Kukimoto-Niino, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Ota, N. / Kanagawa, O. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Interleukin-15{middle dot}Interleukin-15 Receptor {alpha} Complex: INSIGHTS INTO TRANS AND CIS PRESENTATION
著者: Olsen, S.K. / Ota, N. / Kishishita, S. / Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Uchiyama, H. / Toyama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kanagawa, O. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. DETAILS: AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-15
F: Interleukin-15 receptor alpha chain
B: Interleukin-15
C: Interleukin-15 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4405
ポリマ－44,3204
非ポリマー1201
水1,63991
1
A: Interleukin-15
F: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1602
ポリマ－22,1602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-15
C: Interleukin-15 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2803
ポリマ－22,1602
非ポリマー1201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.450, 118.450, 76.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-15 / IL-15


分子量: 13781.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell Free Expression: E.coli / 遺伝子: Il15 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P48346
#2: タンパク質 Interleukin-15 receptor alpha chain / IL-15R-alpha / IL- 15RA


分子量: 8378.438 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 33-103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell Free Expression: E.coli / 遺伝子: Il15ra / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q60819
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.7M Na/K Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 53064 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 18.6 / Num. unique all: 2777 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→25 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1418 -random
Rwork0.224 ---
all-28390 --
obs-53064 99.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å2--
2---3.2 Å2-
3---6.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 9 91 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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