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- PDB-2prx: Crystal structure of Thioesterase superfamily protein (ZP_0083725... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2prx
タイトルCrystal structure of Thioesterase superfamily protein (ZP_00837258.1) from Shewanella loihica PV-4 at 1.65 A resolution
要素Thioesterase superfamily protein
キーワードHYDROLASE / ZP_00837258.1 / Thioesterase superfamily protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性thiolester hydrolase activity / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Thioesterase superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Shewanella loihica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Thioesterase superfamily protein (ZP_00837258.1) from Shewanella loihica PV-4 at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase superfamily protein
B: Thioesterase superfamily protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9102
ポリマ－34,9102
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.501, 38.501, 172.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Thioesterase superfamily protein


分子量: 17454.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: PV-4 / 遺伝子: ZP_00837258.1, Shew_3755 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A3QJH3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.1141.71TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION THIS STRUCTURE. A 1.99A MAD DATA SET COLLECTED FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE AND TRACE AN INITIAL MODEL. THE MODEL WAS THEN REFINED USING THE AMPLITUDES FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO AN ENHANCED RESOLUTION OF 1.5A.
2TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION THIS STRUCTURE. A 1.99A MAD DATA SET COLLECTED FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE AND TRACE AN INITIAL MODEL. THE MODEL WAS THEN REFINED USING THE AMPLITUDES FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO AN ENHANCED RESOLUTION OF 1.5A.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法9NANODROP, 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法8NANODROP, 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
21001
12
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.91837
シンクロトロンSSRL BL9-220.97927, 0.97941, 0.91162
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年2月23日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年2月15日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979271
30.979411
40.911621
反射解像度: 1.5→86.066 Å / Num. obs: 35176 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.542.70.1834.1557721000.18361.3
1.54-1.582.70.1534.8568321290.15364.9
1.58-1.632.70.1345.5574821260.13465.5
1.63-1.682.70.1126.2573921130.11267.4
1.68-1.732.80.1057.2579420850.10570.4
1.73-1.792.80.0938592221150.09372.6
1.79-1.862.80.0799.4604621220.07974
1.86-1.9430.0710.4607720520.0775.3
1.94-2.0230.06311.4603419850.06375.5
2.02-2.123.20.05612.8618119580.05679.8
2.12-2.243.20.05712.2614919440.05781.9
2.24-2.373.10.05911.7582218760.05983.7
2.37-2.543.10.05612.3552017990.05685.8
2.54-2.7430.04814.1518117150.04886.5
2.74-330.04415.7486316160.04489.4
3-3.3530.04614.1442114800.04692.1
3.35-3.872.90.04215.6398913570.04292.7
3.87-4.7430.03716.7351711740.03797.3
4.74-6.713.20.04116.529089130.04196.9
6.71-86.074.30.04514.922375170.04599

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
MolProbity3beta29モデル構築
SOLVE位相決定
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→28.736 Å / Num. parameters: 6902 / Num. restraintsaints: 9250 / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. DATA IS TETARTOHEDRALLY TWINNED. REFINEMENT WAS PERFORMED WITH THE TWIN OPERATORS (K,H,-L), (-K,-H,-L), AND (-H,-K,L) AND THE RESPECTIVE TWIN FRACTIONS OF 0.28, 0.19, 0.15. 4. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.65 A WITH 7312 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.65-1.50 (64.2% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT. 5. THE R-FREE SET WAS GENERATED USING THE TWIN LAWS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1811 -RANDOM EXPANDED BY TWIN LAW
Rwork0.199 ---
all0.203 35176 --
obs0.199 35102 72.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 15.625 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 0 0 9 1714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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