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- PDB-2prh: The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2prh
タイトルThe structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
要素Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-238 / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Walse, B. / Dufe, V.T. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites
著者: Walse, B. / Dufe, V.T. / Svensson, B. / Fritzson, I. / Dahlberg, L. / Khairoullina, A. / Wellmar, U. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0625
ポリマ－39,8571
非ポリマー1,2064
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.550, 90.550, 122.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細biological unit is a monomer

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial / E.C.1.3.3.1 / (Dihydroorotate oxidase / DHOdehase


分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminus truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: mitochondria / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.99.11

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-238 / 6-CHLORO-2-(2'-FLUOROBIPHENYL-4-YL)-3-METHYLQUINOLINE-4-CARBOXYLIC ACID


分子量: 391.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H15ClFNO2
#5: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M acetate, 1.6-2.4M ammonium sulphate, 30% glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.092 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 29077 / Num. obs: 29077 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.18 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4.61 / Num. unique all: 3134 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D3G

1d3g


解像度: 2.4→19.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.93 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1160 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.22 23197 --
obs0.174 23195 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 84 216 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2632.0163928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7685362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.122.951122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44315485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4171529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4961.51842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80822858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41631239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3594.51069
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 83 -
Rwork0.175 1588 -
obs-1671 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.36486.4592-16.896932.08-4.440842.8442-0.7659-1.69481.6273-1.43671.3005-2.12330.83161.9219-0.53460.211-0.02360.03540.2495-0.00110.24953.507756.8584-5.7871
21.64422.0853-0.30793.28261.364.86110.00040.4768-0.0394-0.45960.0729-0.32380.05560.7579-0.0732-0.0377-0.00340.06080.14760.0608-0.002353.651943.746-5.4281
322.1536-17.6863-13.975518.29119.58829.40671.09280.20142.3093-0.9063-0.0833-2.0973-1.24650.3302-1.00940.1142-0.1361-0.07550.2197-0.11180.312652.610257.59878.4639
40.9779-0.29680.55060.63540.1661.09910.03540.04440.0423-0.046-0.0055-0.0895-0.0360.2005-0.0299-0.0175-0.0079-0.00360.02130.00120.018347.041240.61377.9618
52.1065-0.0792-0.06031.2033-0.38161.8332-0.0493-0.1091-0.10590.1130.0445-0.12430.10380.12330.0048-0.02360.0112-0.02190.05150.0189-0.016850.805334.880319.3268
66.3841.0189-0.50912.2559-1.74331.36020.1313-0.1002-0.5995-0.45130.2040.1070.4128-0.4604-0.33540.04270.0102-0.03510.05430.04770.070737.53630.003924.8994
70.8711-0.24070.12080.607-0.11681.0898-0.0209-0.11350.00510.0183-0.05340.0214-0.0538-0.10270.0742-0.00970.0124-0.01730.0343-0.00840.007234.052342.55599.9186
83.24430.6268-0.8882.7072-0.46443.448-0.0819-0.17820.55980.12970.11850.0494-0.4742-0.1117-0.03670.05380.0852-0.0873-0.0397-0.02640.046733.466760.060911.5167
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1130 - 361 - 7
2237 - 648 - 35
3365 - 7836 - 49
4479 - 14850 - 119
55149 - 211120 - 182
66212 - 245183 - 216
77246 - 368217 - 339
88369 - 396340 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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