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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pr0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Sylvaticin, a new secreted protein from Pythium Sylvaticum | ||||||
![]() | sylvaticin | ||||||
![]() | TOXIN / elicitin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lascombe, M.B. / Prange, T. / Retailleau, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of sylvaticin, a new alpha-elicitin-like protein from Pythium sylvaticum. 著者: Lascombe, M.B. / Retailleau, P. / Ponchet, M. / Industri, B. / Blein, J.P. / Prange, T. #1: ![]() タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray studies of sylvaticin, an elicitin-like protein from Pythium sylvaticum 著者: Lascombe, M.-B. / Ponchet, M. / Cardin, L. / Milat, M.-L. / Blein, J.-P. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence The sequence of this protein is not available in the UNP database at the time of processing |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10411.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 2000 MME, 0.01M NiCl2, 0.1M Tris-HKL pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 / 詳細: mirrors | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.72→26 Å / Num. obs: 18321 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / % possible all: 71.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.444 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→25.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.78 Å
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