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- PDB-2pr0: Crystal structure of Sylvaticin, a new secreted protein from Pyth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pr0
タイトルCrystal structure of Sylvaticin, a new secreted protein from Pythium Sylvaticum
要素sylvaticin
キーワードTOXIN / elicitin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Elicitin
類似検索 - 構成要素
生物種Pythium sylvaticum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Lascombe, M.B. / Prange, T. / Retailleau, P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of sylvaticin, a new alpha-elicitin-like protein from Pythium sylvaticum.
著者: Lascombe, M.B. / Retailleau, P. / Ponchet, M. / Industri, B. / Blein, J.P. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray studies of sylvaticin, an elicitin-like protein from Pythium sylvaticum
著者: Lascombe, M.-B. / Ponchet, M. / Cardin, L. / Milat, M.-L. / Blein, J.-P. / Prange, T.
履歴
登録2007年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
Remark 999sequence The sequence of this protein is not available in the UNP database at the time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sylvaticin
B: sylvaticin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1846
ポリマ－20,8222
非ポリマー3624
水3,765209
1
A: sylvaticin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5923
ポリマ－10,4111
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: sylvaticin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5923
ポリマ－10,4111
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.692, 25.974, 68.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 sylvaticin


分子量: 10411.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pythium sylvaticum (真核生物) / 株: strain 37 / 参照: UniProt: D0VWX7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000 MME, 0.01M NiCl2, 0.1M Tris-HKL pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.480, 1.239
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.481
21.2391
反射解像度: 1.72→26 Å / Num. obs: 18321 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.72→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / % possible all: 71.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→25.9 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1857 1757 -RANDOM
Rwork0.1939 ---
all0.204 20145 --
obs0.204 18321 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.444 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→25.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 18 209 1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d3.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.56
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.71
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 100 -
Rwork0.2639 --
obs-968 52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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