PDB-2pqw: Crystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pqw

タイトル

Crystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 17-25), trigonal form

要素

Histone H4
Lethal(3)malignant brain tumor-like protein

キーワード

TRANSCRIPTION / L(3)mbt-like protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / methylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Allali-Hassani, A. / Liu, Y. / Herzanych, N. / Ouyang, H. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: L3MBTL1 recognition of mono- and dimethylated histones.
著者: Min, J. / Allali-Hassani, A. / Nady, N. / Qi, C. / Ouyang, H. / Liu, Y. / MacKenzie, F. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2007年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pqw.cif.gz	89.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pqw.ent.gz	67.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pqw_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pqw_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	2pqw_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	2pqw_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rjcC 2rjdC 2rjeC 2rjfC 1oz2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ri2-d 4rm8-2 6adx-d 5rhu-d 5rhj-d 5rhg-d 3pst-d 6w7x-d 3fzl-1 2rjc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein

B: Histone H4

ヘテロ分子

38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.013, 117.013, 90.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / L3 / mbt-like / L3 / mbt protein homolog / H-l3 / mbt protein / H-L3 / MBT / L3MBTL1 分子量: 37110.566 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 200-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL, KIAA0681, L3MBT / プラスミド: pET28A-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H4 分子量: 1225.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.58 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 4% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月28日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33.79 Å / Num. all: 48125 / Num. obs: 48125 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OZ2

1oz2

解像度: 2→33.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 6.594 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22804	2430	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1949	-	-	-
obs	0.19661	45655	99.09 %	-
all	-	45655	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	12	281	2929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.93	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.75	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.207	23.741	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.11	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.985	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.884	1.5	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.397	2	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.122	3	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.135	4.5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	157	-
R_work	0.349	3292	-
obs	-	-	96.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6612	2.3516	2.8264	3.9181	2.6797	10.7192	-0.2201	0.8393	0.5011	-0.6555	-0.0637	0.1574	-0.8636	-1.0658	0.2838	-0.043	0.2357	-0.2286	0.283	0.0973	-0.0975	-27.5135	77.7825	-13.6641
2	8.2969	-2.9967	0.3738	2.5039	-0.1845	1.5139	0.0798	0.3122	0.3513	-0.3848	-0.2145	-0.0554	-0.4746	-0.1684	0.1348	0.0872	0.07	-0.0815	0.0353	0.0286	0.0391	-12.2456	79.0701	-1.7611
3	0.268	-0.0424	-0.3703	0.552	0.0845	2.2807	-0.0037	0.0088	-0.0558	-0.0229	-0.0473	0.0996	0.0442	-0.0465	0.051	-0.0074	-0.0041	-0.0009	0.052	-0.0033	0.0901	-6.4403	61.9818	6.7472
4	0.1017	-0.1798	-0.0006	0.8395	0.4675	1.8381	-0.0325	-0.027	-0.0094	0.097	-0.0148	0.0951	0.027	0.0466	0.0473	-0.0036	0.0054	0.0058	0.0748	0.0074	0.0558	-4.9097	64.484	12.5144
5	10.6673	2.8456	-5.4645	1.2045	-0.5979	4.4589	-0.118	-1.7355	0.3511	1.0163	-0.1493	0.437	1.1543	1.0639	0.2673	0.2138	0.0857	0.013	0.2855	0.1195	0.1137	3.8464	55.282	20.6326
6	2.908	-4.2876	1.3055	9.971	-0.8165	3.4109	0.0029	0.1214	0.1147	0.0717	-0.1393	-0.3883	-0.0523	0.5604	0.1364	-0.076	-0.0032	-0.0048	0.1046	0.008	0.0574	7.1825	62.5561	8.3489
7	2.4057	-0.6066	-1.9124	0.3491	1.0729	3.2989	0.1836	-0.0323	0.3532	-0.1365	-0.0105	-0.099	-0.4183	0.1725	-0.1731	0.0671	-0.0199	0.0121	0.0086	-0.0033	0.107	-7.1157	79.484	17.8911
8	3.0909	1.9499	1.3039	2.5182	-0.1942	1.3525	-0.1012	0.0879	0.0996	-0.0244	0.0863	0.0723	-0.1365	-0.1784	0.0149	-0.0828	-0.0065	0.0206	0.1462	-0.072	0.0941	-24.2851	71.7011	24.1894
9	2.695	1.32	-0.8697	0.6652	-0.4986	0.5622	-0.0879	0.0717	-0.0043	-0.0826	-0.0064	-0.0658	-0.0459	-0.1996	0.0944	-0.0165	-0.0324	0.0113	0.0967	-0.0412	0.0752	-19.4442	69.4523	23.518
10	0.779	0.0196	0.2369	0.4436	-0.5619	2.3737	-0.0167	0.2052	0.0922	-0.1737	-0.0654	0.1887	-0.1496	-0.1813	0.0821	-0.0328	0.0325	-0.0226	0.1048	-0.0245	0.0995	-23.2962	77.6781	20.8314
11	3.607	-4.862	2.2439	10.1041	-2.0882	1.9366	0.1531	-0.463	-0.1248	0.2745	-0.3501	0.4565	-0.1082	-0.6616	0.1969	-0.1092	0.0108	0.0079	0.2231	-0.1197	0.096	-31.855	72.8089	31.1022
12	2.467	0.2816	0.5914	3.7461	-0.5731	2.7406	0.0143	-0.5111	0.2641	0.4148	-0.3101	0.1761	-0.2009	-0.39	0.2958	-0.0389	-0.0163	0.0639	0.128	-0.1348	0.0419	-23.5072	75.5512	36.2096
13	1.5287	-0.3226	-0.2307	2.3553	1.2103	2.9501	-0.0779	0.1837	-0.1895	-0.037	-0.1155	0.2333	-0.1349	-0.5862	0.1934	-0.1126	0.0808	-0.1097	0.209	-0.0173	0.0511	-26.2375	73.262	-0.3926
14	3.2972	-1.0604	1.2027	5.4553	3.522	6.3875	0.1007	0.1477	-0.2627	0.1179	-0.1995	0.2457	0.1332	-1.1419	0.0988	-0.1611	0.0067	-0.0704	0.303	-0.0908	0.0684	-31.896	69.2238	0.1048
15	2.757	-0.5949	0.4508	0.1837	-0.443	2.2348	0.0555	0.1988	-0.0278	-0.1486	-0.1224	0.1675	-0.1557	-0.2268	0.0669	-0.0098	0.0747	-0.0782	0.1423	-0.0242	0.0478	-20.9816	71.0832	-4.89

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	206 - 224	7 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	225 - 236	26 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	237 - 276	38 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	277 - 308	78 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	309 - 315	110 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	316 - 332	117 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	333 - 347	134 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	348 - 358	149 - 159
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	359 - 387	160 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	388 - 402	189 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	403 - 415	204 - 216
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	416 - 441	217 - 242
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	442 - 472	243 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	473 - 492	274 - 293
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	493 - 520	294 - 321

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)