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- PDB-2pqr: Crystal structure of yeast Fis1 complexed with a fragment of yeas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqr
タイトルCrystal structure of yeast Fis1 complexed with a fragment of yeast Caf4
要素
  • Mitochondria fission 1 protein
  • WD repeat protein YKR036C
キーワードAPOPTOSIS / TPR domain / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / CCR4-NOT complex / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / peroxisome / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane ...Class I peroxisomal membrane protein import / CCR4-NOT complex / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / peroxisome / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / lipid binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1070 / CCR4-associated factor 4 / CCR4-associated factor 4 / Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1070 / CCR4-associated factor 4 / CCR4-associated factor 4 / Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CCR4-associated factor 4 / Mitochondrial fission 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Zhang, Y. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structural basis for recruitment of mitochondrial fission complexes by Fis1.
著者: Zhang, Y. / Chan, D.C.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondria fission 1 protein
B: Mitochondria fission 1 protein
C: WD repeat protein YKR036C
D: WD repeat protein YKR036C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9466
ポリマ－44,5534
非ポリマー3942
水2,540141
1
A: Mitochondria fission 1 protein
C: WD repeat protein YKR036C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2762
ポリマ－22,2762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondria fission 1 protein
D: WD repeat protein YKR036C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6704
ポリマ－22,2762
非ポリマー3942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.408, 46.948, 64.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS CONSISTED OF ONE FIS1 AND ONE CAF4 FRAGMENT. THERE ARE TWO BIOLOGICAL UNITS IN ONE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 Mitochondria fission 1 protein / Mitochondrial division protein 2


分子量: 15128.260 Da / 分子数: 2 / 断片: cytoplasmic portion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FIS1, MDV2 / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P40515
#2: タンパク質 WD repeat protein YKR036C


分子量: 7147.994 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CAF4 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P36130
#3: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG3350, 0.2 M NaH2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.90272
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月2日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymetric cut 12.2 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.4 Å / Num. obs: 56106 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.104 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique all: 5584 / Χ2: 0.919 / % possible all: 98.3

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.15 Å40.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2PQN

2pqn


解像度: 1.88→40.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.548 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1333 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.209 ---
obs0.209 27376 92.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→40.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 2 141 2651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9733487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.255308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7823.73126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18115457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.51598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22622490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02231143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9784.5994
LS精密化 シェル解像度: 1.876→1.925 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 65 -
Rwork0.263 1341 -
obs-1406 65.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2225-3.5949-1.4815.85331.6759.8215-0.0265-0.5369-0.8510.36330.954-0.39920.9740.7073-0.9275-0.2447-0.0289-0.0105-0.00440.10740.252636.026-2.0927.283
27.35323.22620.67422.5426-0.09642.8858-0.00720.2939-0.0484-0.13890.34980.38570.038-0.1608-0.3426-0.16240.0031-0.0212-0.03550.03460.093829.153.80119.447
32.02830.837-0.75632.19960.4383.12190.0526-0.12410.13870.21-0.07080.1402-0.12760.02740.01820.08790.00150.0396-0.039-0.0019-0.054254.31515.9324.661
42.14020.5981-0.07852.5085-0.45193.6518-0.02910.10180.06240.01730.0002-0.1036-0.23920.16050.0290.0377-0.02170.0265-0.0224-0.0031-0.07861.43718.40213.411
57.95670.78663.75895.3728-1.39119.4165-0.07010.10080.47410.19220.0121-0.0343-0.5451-0.1010.0580.1381-0.03740.0547-0.04150.0906-0.05559.71330.7576.695
631.0793-0.767-15.30067.07972.884717.1639-0.75062.3806-2.2864-0.587-0.2291-0.4187-0.0333-0.21710.9797-0.2103-0.0191-0.176-0.0124-0.07420.290325.0392.8679.183
714.25711.8689.42594.45490.355315.20650.0835-0.504-0.60870.55620.07050.3013-0.426-0.2596-0.154-0.0206-0.01990.0828-0.05440.0480.064942.8665.66125.697
86.65632.21337.44354.41213.259313.6059-0.17730.3533-0.0503-0.06730.1932-0.5674-0.33970.6757-0.0159-0.02190.00180.03360.0541-0.0417-0.022369.17313.73910.631
96.7116-2.4964-16.044234.9002-7.038843.3337-0.70622.1719-0.2413-2.90481.0508-0.11631.7198-1.9694-0.34460.6104-0.0091-0.1190.9453-0.11290.05145.91712.582.118
104.8635-1.0727-4.49316.9696-2.762812.44020.1434-0.02420.27190.58950.07010.463-0.3173-0.5261-0.21350.00930.01460.0804-0.0596-0.0244-0.009145.41216.62123.043
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 215 - 21
22AA22 - 10222 - 102
33BB5 - 545 - 54
44BB55 - 10355 - 103
55BB104 - 128104 - 128
66CC99 - 12223 - 46
77CC123 - 14047 - 64
88DD96 - 11520 - 39
99DD116 - 12340 - 47
1010DD124 - 13848 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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