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- PDB-2pqk: X-ray crystal structure of human Mcl-1 in complex with Bim BH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqk
タイトルX-ray crystal structure of human Mcl-1 in complex with Bim BH3
要素
  • Bim BH3 peptide
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 family / BH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bare, E. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Mcl-1-Bim complexes accommodate surprising point mutations via minor structural changes.
著者: Fire, E. / Gulla, S.V. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32013年4月10日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5426
ポリマ－21,3232
非ポリマー2194
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
2
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,16924
ポリマ－85,2938
非ポリマー87716
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area13510 Å2
ΔGint-434 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
3
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,16924
ポリマ－85,2938
非ポリマー87716
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area7650 Å2
ΔGint-455 kcal/mol
Surface area36040 Å2
手法PISA
4
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08512
ポリマ－42,6464
非ポリマー4388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
5
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08512
ポリマ－42,6464
非ポリマー4388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area3080 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
6
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

B: Bim BH3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5426
ポリマ－21,3232
非ポリマー2194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area960 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.087, 71.846, 118.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

HOH

21A-62-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2- related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17937.359 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 172-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bim BH3 peptide


分子量: 3385.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide, the sequence naturally occurs in Homo sapiens (Human)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M zinc acetate, 0.1M imidazole, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98166
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98166 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 15 / 数: 199904 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.03 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27631 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.375098.110.0361.5797.2
3.474.3710010.0471.6597.3
3.033.4710010.051.6757.5
2.763.0310010.0611.5087.6
2.562.7610010.0841.397.6
2.412.5610010.1011.097.7
2.292.4110010.1311.0137.6
2.192.2910010.2481.7127.4
2.12.1999.810.2380.9597.1
2.032.197.710.3671.2475.3
反射解像度: 2→34.6 Å / Num. obs: 15537 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.469 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.075.60.33514650.711195.5
2.07-2.156.60.23715040.792198
2.15-2.2570.18215540.953199.7
2.25-2.377.20.13815340.9051100
2.37-2.527.30.11415591.1011100
2.52-2.717.30.09215581.2251100
2.71-2.997.20.07615711.5251100
2.99-3.427.20.06615752.1931100
3.42-4.3170.05215892.671100
4.31-506.60.0416282.356196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.721 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 776 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 15537 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 4 118 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9341863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.325167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17923.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43715246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2790.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2820.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.5833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21121337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9413573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1174.5526
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 38 -
Rwork0.204 964 -
obs-1002 87.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.73480.06680.29892.01480.18831.88230.0674-0.1775-0.31190.38380.0046-0.01950.2710.0076-0.072-0.00580.0086-0.0092-0.0748-0.0023-0.04812.638919.796242.9922
24.4472-0.10191.36962.71022.97339.13120.0256-0.04460.05250.13080.0493-0.46690.33550.1153-0.0749-0.09640.0340.0141-0.0551-0.0285-0.031712.409426.090735.1058
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA172 - 3213 - 152
22BB0 - 224 - 26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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