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万見
- PDB-2pq2: Structure of serine proteinase K complex with a highly flexible h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pq2
タイトルStructure of serine proteinase K complex with a highly flexible hydrophobic peptide at 1.8A resolution
要素
  • GALAG peptide
  • Proteinase K
キーワードHYDROLASE / PROTEINASE K / HYDROPHOBIC PEPTIDE GALAG / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Engyodontium album (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Ethayathulla, A.S. / Singh, A.K. / Singh, N. / Sharma, S. / Sinha, M. / Somvanshi, R.K. / Kaur, P. / Dey, S. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of serine proteinase K complex with a highly flexible hydrophobic peptide at 1.8A resolution
著者: Ethayathulla, A.S. / Singh, A.K. / Singh, N. / Sharma, S. / Sinha, M. / Somvanshi, R.K. / Kaur, P. / Dey, S. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2007年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
B: GALAG peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4484
ポリマ－29,3462
非ポリマー1022
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.314, 68.314, 108.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Tritirachium alkaline proteinase / Endopeptidase K


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 変異: S312D / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Engyodontium album (菌類) / 株: FUNGI / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: タンパク質・ペプチド GALAG peptide


分子量: 387.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M AMMONIUM ACTATE, 0.1M SODIUM ACETATE, 30% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→57.3 Å / Num. all: 24800 / Num. obs: 23699 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.0561 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DP4

2dp4


解像度: 1.82→57.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.594 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20728 1216 5.1 %RANDOM
Rwork0.16823 ---
all0.17211 23699 --
obs0.17016 22483 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→57.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 5 263 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.942895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6485294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32823.6984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83215306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9151512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3080.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6711.51437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14222243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1043784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2214.5646
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 91 -
Rwork0.276 1623 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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