PDB-2ppq: Crystal structure of the homoserine kinase from Agrobacterium tum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ppq

タイトル

Crystal structure of the homoserine kinase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Homoserine kinase

キーワード

TRANSFERASE / homoserine kinase / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine kinase / homoserine kinase activity / threonine biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the homoserine kinase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ppq.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ppq.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ppq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ppq_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ppq_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	2ppq_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	2ppq_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/2ppq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/2ppq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hj0-1 6xrk-d 4hj0-2 4j0f-d 5ggw-d 1lso-d 5xjl-d 1f12-d 3fbg-d 3va8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6151

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Homoserine kinase

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Homoserine kinase

ヘテロ分子

A: Homoserine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.338, 100.619, 134.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH

詳細

This protein existed as dimer. Second part of the dimer is generated by the operation: 1-x,y,1/2-z

#1: タンパク質	Homoserine kinase / HSK / HK 分子量: 36474.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: thrB, Atu0775, AGR_C_1416 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8UHA8, homoserine kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→67.12 Å / Num. all: 27040 / Num. obs: 26375 / % possible obs: 97.54 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2087 / % possible all: 83.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→67.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.241 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.154
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23484	1402	5 %	RANDOM
R_work	0.18737	-	-	-
all	0.1897	26375	-	-
obs	0.1897	26375	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.035 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→67.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2466	0	6	223	2695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.985	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.945	3	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.652	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.466	23.879	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.092	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.744	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.324	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.255	1.5	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.205	1.5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.413	2	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.107	3	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.018	4.5	966

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	103	-
R_work	0.225	1635	-
obs	-	1738	83.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.121 Å / Origin y: 29.755 Å / Origin z: 16.872 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0424 Å²	-0.0072 Å²	0.0031 Å²	-	0.0039 Å²	0.0043 Å²	-	-	-0.0748 Å²
L	0.5191 °²	-0.102 °²	0.436 °²	-	0.7212 °²	-0.7831 °²	-	-	1.3818 °²
S	0.0106 Å °	-0.0799 Å °	-0.0052 Å °	0.0725 Å °	0.0137 Å °	-0.0277 Å °	-0.0368 Å °	-0.0925 Å °	-0.0244 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 31	5 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 60	35 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	61 - 100	61 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 180	101 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	181 - 240	181 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	241 - 286	241 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	287 - 320	287 - 320

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関連情報:EMDBヘッダ

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