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- PDB-2pos: Crystal Structure of sylvaticin, a new secreted protein from pyth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pos
タイトルCrystal Structure of sylvaticin, a new secreted protein from pythium sylvaticum
要素SYLVATICIN
キーワードTOXIN / sylvaticin / elicitin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Elicitin
類似検索 - 構成要素
生物種Pythium sylvaticum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lascombe, M.B. / Prange, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of sylvaticin, a new alpha-elicitin-like protein from Pythium sylvaticum.
著者: Lascombe, M.B. / Retailleau, P. / Ponchet, M. / Industri, B. / Blein, J.P. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Purification,crystallisation and preliminary X-ray studies of sylvaticin, an elicitin-like protein from pythium sylvaticum
著者: Lascombe, M.B. / Ponchet, M. / Cardin, L. / Milat, M.L. / Blein, J.P. / Prange, T.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYLVATICIN
B: SYLVATICIN
C: SYLVATICIN
D: SYLVATICIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,40313
ポリマ－41,6444
非ポリマー7599
水13,223734
1
A: SYLVATICIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6274
ポリマ－10,4111
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SYLVATICIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5923
ポリマ－10,4111
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SYLVATICIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5923
ポリマ－10,4111
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SYLVATICIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5923
ポリマ－10,4111
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.220, 46.000, 55.730
Angle α, β, γ (deg.)85.20, 71.27, 74.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
SYLVATICIN


分子量: 10411.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pythium sylvaticum (真核生物) / 株: strain 37 / 参照: UniProt: D0VWX7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% PEG 2000MME, 10mM NiCl2, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→33 Å / Num. all: 43901 / Num. obs: 40560 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 9.22 / Num. unique all: 6468 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 91.3

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.39 Å
Translation2.5 Å26.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Sylvaticin C2

解像度: 1.6→21.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.63 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 2024 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.152 43341 --
obs0.152 40262 92.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 37 734 3701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.111.9934176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7675378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.40326.033121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80615494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.956154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.51970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89723120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6131223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6474.51056
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 146 -
Rwork0.164 2875 -
obs-3021 93.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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