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- PDB-2pod: Crystal structure of a member of enolase superfamily from Burkhol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pod
タイトルCrystal structure of a member of enolase superfamily from Burkholderia pseudomallei K96243
要素Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ENOLASE / RACEMASE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Gilmore, J.M. / Iizuka, M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. / Burley, S.K. ...Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Gilmore, J.M. / Iizuka, M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Member of Enolase Superfamily from Burkholderia Pseudomallei.
著者: Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Gilmore, J.M. / Iizuka, M. / Gheyi, M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4524
ポリマ－92,4062
非ポリマー462
水2,738152
1
A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,80616
ポリマ－369,6228
非ポリマー1848
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area40740 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area86460 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.771, 146.771, 85.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: A B)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 385 / Label seq-ID: 3 - 387

Component-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: A B)

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme


分子量: 46202.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSS2072 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63IJ7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 45% MPD, 200mM Ammonium acetate, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 38379 / Num. obs: 38379 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.3.0034精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.34→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.664 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27451 1076 3.1 %RANDOM
Rwork0.20937 ---
all0.2114 33656 --
obs0.2114 33656 90.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6 Å20 Å20 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3---3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 2 152 6121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9598326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8075759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.52723.165278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.51615984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5771549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1430.32899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.54068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.5449
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0310.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.528
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.58523783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.18236067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.55842461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.90462257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2951 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.250.05
Btight thermal3.452
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 62 -
Rwork0.295 1763 -
obs-1763 65.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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