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- PDB-2po6: Crystal structure of CD1d-lipid-antigen complexed with Beta-2-Mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2po6
タイトルCrystal structure of CD1d-lipid-antigen complexed with Beta-2-Microglobulin, NKT15 Alpha-Chain and NKT15 Beta-Chain
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • NKT15 alpha-chain
  • NKT15 beta-chain
  • T-cell surface glycoprotein CD1d
キーワードLIPID BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CD1d-lipid antigen NKT15 complex / LIPID BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / detection of bacterium / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / lysosome / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGH / T cell receptor alpha chain constant / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Borg, N.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: CD1d-lipid-antigen recognition by the semi-invariant NKT T-cell receptor.
著者: Borg, N.A. / Wun, K.S. / Kjer-Nielsen, L. / Wilce, M.C. / Pellicci, D.G. / Koh, R. / Besra, G.S. / Bharadwaj, M. / Godfrey, D.I. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
Remark 999Sequence No suitable database references were found for chains C,G,D and H at time of processing. ...Sequence No suitable database references were found for chains C,G,D and H at time of processing.(Kjer-Nielsen, L., Borg, N.A., et al., J. exp med. 203 (3) 661-673), 2006

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: NKT15 alpha-chain
D: NKT15 beta-chain
E: T-cell surface glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
G: NKT15 alpha-chain
H: NKT15 beta-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,07615
ポリマ－187,8888
非ポリマー3,1887
水00
1
A: T-cell surface glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: NKT15 alpha-chain
D: NKT15 beta-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6288
ポリマ－93,9444
非ポリマー1,6844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area39370 Å2
手法PISA
2
E: T-cell surface glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
G: NKT15 alpha-chain
H: NKT15 beta-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4487
ポリマ－93,9444
非ポリマー1,5043
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area38860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.012, 155.636, 85.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
12B
22B
13C
23C
14D
24D
15D
25D
16E
26E
17F
27F
18G
28G
19G
29G
110C
210C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGHISHISAA6 - 2801 - 275
21ARGARGHISHISAA6 - 2801 - 275
12ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
22ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
13ASNASNASPASPCC1 - 1171 - 114
23ASNASNASPASPCC1 - 1171 - 114
14ALAALATHRTHRDD2 - 1171 - 114
24ALAALATHRTHRDD2 - 1171 - 114
15GLUGLUASPASPDD118 - 247115 - 244
25GLUGLUASPASPDD118 - 247115 - 244
16ARGARGTRPTRPEE6 - 2771 - 272
26ARGARGTRPTRPEE6 - 2771 - 272
17GLNGLNMETMETFF2 - 992 - 99
27GLNGLNMETMETFF2 - 992 - 99
18ASNASNASPASPGG1 - 1171 - 114
28ASNASNASPASPGG1 - 1171 - 114
19ILEILEPROPROGG118 - 207115 - 204
29ILEILEPROPROGG118 - 207115 - 204
110ILEILESERSERCC118 - 206115 - 203
210ILEILESERSERCC118 - 206115 - 203

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFDH

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1d / CD1d antigen / R3G1


分子量: 31758.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pFastbac dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / Fragment: beta-2-microglobulin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pFastbac dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 NKT15 beta-chain


分子量: 27772.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GMR4

-
抗体 , 1種, 2分子 CG

#3: 抗体 NKT15 alpha-chain


分子量: 22664.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIZ8, UniProt: P01848*PLUS

-
糖 , 4種, 7分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical entity
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / 詳細: chemical entity
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-AGH / N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE / KRN-7000


タイプ: D-saccharide / 分子量: 858.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C50H99NO9

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 13% PEG 10K, 0.1M bis-tris propane, 0.2M tri-sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 42581 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.434 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique all: 3310 / Χ2: 0.934 / % possible all: 74.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EYS followed by PDB entry 1ZT4 (without alpha-Galcer)

2eys

1zt4


解像度: 3.2→29.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 58.18 / SU ML: 0.458 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.558 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2135 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.229 42133 95.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13083 0 215 0 13298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02113667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9518583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.98451631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06924.15653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.437152174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6051581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.25412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.28965
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.239
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2161.58372
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.47636091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8334.55330
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプWeight position
11A2192X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
11A2192X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
21B824X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
21B824X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
31C885X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
31C885X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
41D910X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
41D910X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
51D1047X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
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61E2171X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
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71F813X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
81G885X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
81G885X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
91G703X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
91G703X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
101C696X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM POSITIONAL0.5
101C696X-RAY DIFFRACTIONMEDIUM THERMAL2
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 115 -
Rwork0.318 2278 -
obs-2393 74.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.45180.5319-4.58373.6746-3.04168.3658-0.0009-0.2881-0.0648-0.0715-0.0662-0.23740.20910.58940.0672-0.3949-0.0744-0.0877-0.3624-0.0177-0.240943.398-6.64735.377
212.89592.19724.846610.41-0.65158.3956-0.3517-0.5801-0.36940.032-0.00330.37450.1739-0.69750.355-0.2646-0.05250.2099-0.1978-0.0183-0.270213.293-9.68953.683
317.33841.8908-4.36053.934-0.39895.44780.05480.67050.14570.0372-0.13690.12830.2033-0.50990.0821-0.2781-0.03590.057-0.30880.0822-0.309531.9088.19923.016
44.3057-0.47892.07263.3919-0.021612.1299-0.318-0.03980.43950.0671-0.16140.15810.0212-0.71340.4794-0.45870.00160.0518-0.2692-0.0818-0.079411.6335.44445.489
52.12870.1825-2.38211.1482-1.37264.5594-0.4132-0.2964-0.2734-0.3456-0.1668-0.53620.61520.71230.58-0.06820.08760.1634-0.28470.06970.034775.1274.427-0.343
63.7652-1.6095-2.0822.5022.57439.3654-0.2470.9933-0.3817-0.9126-0.26810.04220.7151-0.78690.51510.4183-0.09310.2606-0.016-0.0012-0.032569.6491.9-18.981
73.6942-0.4542.79922.97312.3339.5351-0.1115-0.04020.11290.05940.00910.375-0.4416-0.51730.1024-0.4102-0.01440.0947-0.4175-0.0021-0.238552.66249.38536.353
813.43892.5525-2.863210.2852.13147.4187-0.1955-0.68490.3430.37780.2821-0.5473-0.08860.7669-0.0866-0.09090.0818-0.1027-0.19240.0195-0.394279.14752.47659.695
912.64132.46384.38855.22831.41117.3032-0.11780.44010.0541-0.0432-0.07230.0401-0.05430.63230.1901-0.3925-0.00160.0085-0.3703-0.0061-0.298166.10734.65425.964
105.8962-1.0913-3.00183.95071.145410.8923-0.0914-0.0469-0.4070.4906-0.0347-0.1229-0.16670.27290.1261-0.4516-0.0017-0.0581-0.35410.0677-0.263782.33537.55551.696
111.9926-0.17322.15870.98171.2195.5572-0.1372-0.18450.1161-0.3775-0.26440.4148-0.617-0.8040.4015-0.15990.0644-0.1093-0.2886-0.0397-0.024927.50738.383-4.342
123.9038-1.04241.32823.7428-3.041411.248-0.01381.04710.5098-0.9091-0.4715-0.2606-0.62010.93380.48530.1704-0.0113-0.1532-0.05740.0331-0.102635.94241.041-21.734
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CC1 - 1171 - 114
22CC118 - 205115 - 202
33DD3 - 1172 - 114
44DD118 - 247115 - 244
55AA6 - 2801 - 275
66BB1 - 991 - 99
77GG1 - 1171 - 114
88GG118 - 205115 - 202
99HH3 - 1172 - 114
1010HH118 - 247115 - 244
1111EE6 - 2771 - 272
1212FF2 - 992 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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