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- PDB-2po1: Crystal structure of the P. abyssi exosome RNase PH ring complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2po1
タイトルCrystal structure of the P. abyssi exosome RNase PH ring complexed with a single stranded 10-mer poly(A) RNA
要素
  • 10-mer poly(A)
  • Probable exosome complex exonuclease 1
  • Probable exosome complex exonuclease 2
キーワードhydrolase/hydrolase/RNA / RNase PH / hydrolase-hydrolase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily ...Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / Guimaraes, B.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Insights into the mechanism of progressive RNA degradation by the archaeal exosome.
著者: Navarro, M.V.A.S. / Oliveira, C.C. / Zanchin, N.I. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 10-mer poly(A)
A: Probable exosome complex exonuclease 1
B: Probable exosome complex exonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8278
ポリマ－61,2363
非ポリマー5915
水5,549308
1
C: 10-mer poly(A)
A: Probable exosome complex exonuclease 1
B: Probable exosome complex exonuclease 2
ヘテロ分子

C: 10-mer poly(A)
A: Probable exosome complex exonuclease 1
B: Probable exosome complex exonuclease 2
ヘテロ分子

C: 10-mer poly(A)
A: Probable exosome complex exonuclease 1
B: Probable exosome complex exonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,48124
ポリマ－183,7099
非ポリマー1,77315
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area29630 Å2
ΔGint-234.7 kcal/mol
Surface area55550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.555, 93.555, 125.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the heterodimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y-1, z and -x+y+1, -x, z

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要素

#1: RNA鎖 10-mer poly(A)


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 1


分子量: 27720.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: Rrp41 / プラスミド: pET29 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9V119, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 2


分子量: 30268.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: Rrp42 / プラスミド: pAE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9V118, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 45% MPD and 0.1 M LiCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Bis-Tris11
2MPD11
3LiC11
4Bis-Tris12
5MPD12
6LiC12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→46.78 Å / Num. all: 47831 / Num. obs: 46981 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 6859 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PNZ

2pnz


解像度: 1.94→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.473 / SU ML: 0.122 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24243 2374 5.1 %RANDOM
Rwork0.18738 ---
all0.19016 45299 --
obs0.19016 44547 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 154 0 348 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0652.0555696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5475508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95624.759166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82715756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1211529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.22890
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1011.52579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55924085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62131805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9384.51608
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 140 -
Rwork0.255 2736 -
obs-2876 83.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6837-0.4363-0.14962.4940.06541.58980.0005-0.0080.00450.07470.01630.2260.0306-0.4854-0.0168-0.22520.00410.02160.01320.0005-0.022917.783-24.1781-25.2061
21.41660.01790.07821.6848-0.26532.1715-0.02310.0912-0.0876-0.13360.00970.07590.3265-0.22840.0134-0.0388-0.0946-0.0009-0.1641-0.0211-0.126632.5447-51.2099-32.2068
36.6674.0336-0.4016.8143-1.23318.66530.19421.4345-0.0277-0.6442-0.0979-0.55560.49491.6621-0.09630.2-0.03390.18360.0183-0.04510.177836.8147-20.3249-33.6047
40.6746-0.4447-0.04711.2830.01730.56240.00360.0425-0.0317-0.03710.0010.16520.1881-0.2539-0.0045-0.0406-0.0895-0.01460.036-0.0140.022326.8504-40.997-29.3623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB9 - 2449 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2BC8 - 27411 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3CA3951
4X-RAY DIFFRACTION3CA3984
5X-RAY DIFFRACTION3CA400 - 4046 - 10
6X-RAY DIFFRACTION4A - CJ - I284 - 4091 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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