PDB-2pnx: The PHD finger of ING4 in complex with an H3K4Me3 histone peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pnx

タイトル

The PHD finger of ING4 in complex with an H3K4Me3 histone peptide

要素

H3K4Me3 peptide
Inhibitor of growth protein 4

キーワード

GENE REGULATION / protein-peptide complex / chromatin / zinc finger / histone

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / intermediate filament cytoskeleton / regulation of cell cycle G2/M phase transition / histone H3K4me3 reader activity / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein acetylation / histone acetyltransferase complex / regulation of cell growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Champagne, K.S. / Johnson, K. / Kutateladze, T.G.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: ING4 mediates crosstalk between histone H3 K4 trimethylation and H3 acetylation to attenuate cellular transformation
著者: Hung, T. / Binda, O. / Champagne, K.S. / Kuo, A.J. / Johnson, K. / Chang, H.Y. / Simon, M.D. / Kutateladze, T.G. / Gozani, O.

履歴

登録	2007年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pnx.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pnx.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qic-d 1msz-d 1sn4-d 6v1c-d 3a0j-2 3r93-1 7aty-d 6ohx-d 2js2-d 2ecm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inhibitor of growth protein 4

B: H3K4Me3 peptide

C: Inhibitor of growth protein 4

D: H3K4Me3 peptide

ヘテロ分子

15.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inhibitor of growth protein 4

B: H3K4Me3 peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.78 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Inhibitor of growth protein 4

D: H3K4Me3 peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.160, 68.160, 27.960
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Inhibitor of growth protein 4 / p29ING4 分子量: 6296.138 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD domain, residues 194-246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ING4 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)plyss / 参照: UniProt: Q9UNL4
#2: タンパク質・ペプチド	H3K4Me3 peptide 分子量: 1350.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide H3K4me3 is naturally found in Homo sapiens (human).
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.04 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.282, 1.283, 1.257

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月22日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.282	1
2	1.283	1
3	1.257	1

反射

解像度: 1.8→34.08 Å / Num. all: 23297 / Num. obs: 22220 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.69 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.92 % / R_merge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2960 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→34.08 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	1680	-	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
all	-	23297	-	-
obs	-	22220	95.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	969	0	4	130	1103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.28

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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