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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pnr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the asymmetric Pdk3-l2 Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / pyruvate dehydrogenase kinase 3 / lipoyl-bearing domain / asymmetric protein-protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism ...hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to fatty acid / Signaling by Retinoic Acid / regulation of glucose metabolic process / tricarboxylic acid cycle / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / glucose metabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vassylyev, D.G. / Steussy, C.N. / Devedjiev, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structure of an Asymmetric complex of Pyruvate Dehydrogenase Kinase 3 with Lipoyl domain 2 and its Biological Implications 著者: Devedjiev, Y. / Steussy, C.N. / Vassylyev, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pnr.cif.gz | 342.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pnr.ent.gz | 275.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pnr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pnr_validation.pdf.gz | 516.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pnr_full_validation.pdf.gz | 574.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pnr_validation.xml.gz | 70.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pnr_validation.cif.gz | 98 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1y8nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | [ 分子量: 48290.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK3 / プラスミド: PTRCHISB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q15120, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase #2: タンパク質 | 分子量: 14192.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLAT, DLTA / プラスミド: PTRCHISB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P10515, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein solution: 5mg/ml, 20mM Tris-HCL pH 8.0, 100mM NaCl, 5mM DTT, 2.5% (v/v) ethylen glycol Precipitant solution: 100mM histidine, 30 mM EDTA, 7% (v/v) MPD., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 64645 / Num. obs: 64645 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4439 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 64 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y8N 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT ...詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT USING THE TWINNING OPTION OF THE CNS PROGRAM. FOR THE DEPOSITION THE DIFFRACTION DATA WERE DETWINNED USING THE CNS PROGRAM. THE REFINEMENT STATISTICS CALCULATED BASED ON THE DETWINNED DATA MIGHT BE SLIGHTLY DIFFERENT FROM THOSE OBTAINED DURING THE "TWINNED" REFINEMENT INCLUDED IN THIS ENTRY.
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å
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