PDB-2pno: Crystal structure of human leukotriene C4 synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pno

タイトル

Crystal structure of human leukotriene C4 synthase

要素

Leukotriene C4 synthase

キーワード

LYASE / membrane protein / helix bundle / homo trimer / mGST / MAPEG

機能・相同性

機能・相同性情報

Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ago, H. / Kanaoka, Y. / Irikura, D. / Lam, B.K. / Shimamura, T. / Austen, K.F. / Miyano, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a human membrane protein involved in cysteinyl leukotriene biosynthesis
著者: Ago, H. / Kanaoka, Y. / Irikura, D. / Lam, B.K. / Shimamura, T. / Austen, K.F. / Miyano, M.

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月7日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3hkk-1 4ntb-1 4j7t-1 4jcz-1 4nta-1 2uui-1 4ntf-1 2uuh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Leukotriene C4 synthase

B: Leukotriene C4 synthase

C: Leukotriene C4 synthase

D: Leukotriene C4 synthase

E: Leukotriene C4 synthase

F: Leukotriene C4 synthase

G: Leukotriene C4 synthase

H: Leukotriene C4 synthase

I: Leukotriene C4 synthase

J: Leukotriene C4 synthase

K: Leukotriene C4 synthase

L: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

242 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Leukotriene C4 synthase

B: Leukotriene C4 synthase

C: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Leukotriene C4 synthase

E: Leukotriene C4 synthase

F: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.8 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Leukotriene C4 synthase

H: Leukotriene C4 synthase

I: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Leukotriene C4 synthase

K: Leukotriene C4 synthase

L: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.500, 293.900, 206.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	4 - 130	4 - 130
2	1	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	4 - 130	4 - 130
3	1	GLU	GLU	PHE	PHE	C	C	4 - 130	4 - 130
4	1	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	4 - 130	4 - 130
5	1	GLU	GLU	PHE	PHE	E	E	4 - 130	4 - 130
6	1	GLU	GLU	PHE	PHE	F	F	4 - 130	4 - 130
7	1	GLU	GLU	PHE	PHE	G	G	4 - 130	4 - 130
8	1	GLU	GLU	PHE	PHE	H	H	4 - 130	4 - 130
9	1	GLU	GLU	PHE	PHE	I	I	4 - 130	4 - 130
10	1	GLU	GLU	PHE	PHE	J	J	4 - 130	4 - 130
11	1	GLU	GLU	PHE	PHE	K	K	4 - 130	4 - 130
12	1	GLU	GLU	PHE	PHE	L	L	4 - 130	4 - 130
1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	133 - 140	133 - 140
2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	133 - 140	133 - 140
3	2	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	133 - 140	133 - 140
4	2	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	133 - 140	133 - 140
5	2	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	133 - 140	133 - 140
6	2	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	133 - 140	133 - 140
7	2	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	133 - 140	133 - 140
8	2	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	133 - 140	133 - 140
9	2	ALA	ALA	LEU	LEU	I	I	133 - 140	133 - 140
10	2	ALA	ALA	LEU	LEU	J	J	133 - 140	133 - 140
11	2	ALA	ALA	LEU	LEU	K	K	133 - 140	133 - 140
12	2	ALA	ALA	LEU	LEU	L	L	133 - 140	133 - 140
1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	142 - 147	142 - 147
2	3	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	142 - 147	142 - 147
3	3	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	142 - 147	142 - 147
4	3	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	142 - 147	142 - 147
5	3	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	142 - 147	142 - 147
6	3	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	142 - 147	142 - 147
7	3	ARG	ARG	LEU	LEU	G	G	142 - 147	142 - 147
8	3	ARG	ARG	LEU	LEU	H	H	142 - 147	142 - 147
9	3	ARG	ARG	LEU	LEU	I	I	142 - 147	142 - 147
10	3	ARG	ARG	LEU	LEU	J	J	142 - 147	142 - 147
11	3	ARG	ARG	LEU	LEU	K	K	142 - 147	142 - 147
12	3	ARG	ARG	LEU	LEU	L	L	142 - 147	142 - 147

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Leukotriene C4 synthase / Leukotriene-C4 / synthase / LTC4 synthase 分子量: 17411.539 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pESP-3 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 糖	... ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes/NaOH, 30%(v/v) PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44B2	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL44B2	2	0.97904, 0.97949, 0.96423, 0.99519

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2006年10月4日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2006年11月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97904	1
3	0.97949	1
4	0.96423	1
5	0.99519	1

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 54085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 97.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 7797 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.3→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 21.07 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25462	2675	5 %	RANDOM
R_work	0.22109	-	-	-
obs	0.22281	50769	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13353	0	1170	0	14523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	14935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.975	2.048	20206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.696	5	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.226	20.682	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.876	15	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.685	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	10606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.1	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.329	0.2	10191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.1	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.318	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.659	1.5	8870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.196	2	13810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.674	3	6721
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.907	4.5	6386

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	507	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	507	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	507	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	507	tight positional	0.06	0.05
1	5	E	507	tight positional	0.05	0.05
1	6	F	507	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	507	tight positional	0.05	0.05
1	8	H	507	tight positional	0.05	0.05
1	9	I	507	tight positional	0.05	0.05
1	10	J	507	tight positional	0.06	0.05
1	11	K	507	tight positional	0.05	0.05
1	12	L	507	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	32	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	32	tight positional	0.05	0.05
2	3	C	32	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	32	tight positional	0.08	0.05
2	5	E	32	tight positional	0.07	0.05
2	6	F	32	tight positional	0.05	0.05
2	7	G	32	tight positional	0.05	0.05
2	8	H	32	tight positional	0.03	0.05
2	9	I	32	tight positional	0.03	0.05
2	10	J	32	tight positional	0.05	0.05
2	11	K	32	tight positional	0.04	0.05
2	12	L	32	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	24	tight positional	0.03	0.05
3	2	B	24	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	24	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	24	tight positional	0.06	0.05
3	5	E	24	tight positional	0.04	0.05
3	6	F	24	tight positional	0.07	0.05
3	7	G	24	tight positional	0.03	0.05
3	8	H	24	tight positional	0.04	0.05
3	9	I	24	tight positional	0.04	0.05
3	10	J	24	tight positional	0.04	0.05
3	11	K	24	tight positional	0.04	0.05
3	12	L	24	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	445	medium positional	0.45	0.5
1	2	B	445	medium positional	0.31	0.5
1	3	C	445	medium positional	0.35	0.5
1	4	D	445	medium positional	0.34	0.5
1	5	E	445	medium positional	0.34	0.5
1	6	F	445	medium positional	0.38	0.5
1	7	G	445	medium positional	0.29	0.5
1	8	H	445	medium positional	0.3	0.5
1	9	I	445	medium positional	0.32	0.5
1	10	J	445	medium positional	0.41	0.5
1	11	K	445	medium positional	0.33	0.5
1	12	L	445	medium positional	0.33	0.5
2	1	A	17	medium positional	0.61	0.5
2	2	B	17	medium positional	0.57	0.5
2	3	C	17	medium positional	1.17	0.5
2	4	D	17	medium positional	0.7	0.5
2	5	E	17	medium positional	0.67	0.5
2	6	F	17	medium positional	0.52	0.5
2	7	G	17	medium positional	0.7	0.5
2	8	H	17	medium positional	0.59	0.5
2	9	I	17	medium positional	0.59	0.5
2	10	J	17	medium positional	0.71	0.5
2	11	K	17	medium positional	0.47	0.5
2	12	L	17	medium positional	0.5	0.5
3	1	A	6	medium positional	0.08	0.5
3	2	B	6	medium positional	0.15	0.5
3	3	C	6	medium positional	0.18	0.5
3	4	D	6	medium positional	0.16	0.5
3	5	E	6	medium positional	0.11	0.5
3	6	F	6	medium positional	0.12	0.5
3	7	G	6	medium positional	0.07	0.5
3	8	H	6	medium positional	0.1	0.5
3	9	I	6	medium positional	0.08	0.5
3	10	J	6	medium positional	0.08	0.5
3	11	K	6	medium positional	0.08	0.5
3	12	L	6	medium positional	0.11	0.5
1	1	A	507	tight thermal	0.12	0.5
1	2	B	507	tight thermal	0.13	0.5
1	3	C	507	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	507	tight thermal	0.11	0.5
1	5	E	507	tight thermal	0.12	0.5
1	6	F	507	tight thermal	0.11	0.5
1	7	G	507	tight thermal	0.08	0.5
1	8	H	507	tight thermal	0.11	0.5
1	9	I	507	tight thermal	0.11	0.5
1	10	J	507	tight thermal	0.16	0.5
1	11	K	507	tight thermal	0.13	0.5
1	12	L	507	tight thermal	0.11	0.5
2	1	A	32	tight thermal	0.06	0.5
2	2	B	32	tight thermal	0.08	0.5
2	3	C	32	tight thermal	0.09	0.5
2	4	D	32	tight thermal	0.1	0.5
2	5	E	32	tight thermal	0.07	0.5
2	6	F	32	tight thermal	0.08	0.5
2	7	G	32	tight thermal	0.06	0.5
2	8	H	32	tight thermal	0.09	0.5
2	9	I	32	tight thermal	0.08	0.5
2	10	J	32	tight thermal	0.09	0.5
2	11	K	32	tight thermal	0.06	0.5
2	12	L	32	tight thermal	0.09	0.5
3	1	A	24	tight thermal	0.06	0.5
3	2	B	24	tight thermal	0.07	0.5
3	3	C	24	tight thermal	0.08	0.5
3	4	D	24	tight thermal	0.04	0.5
3	5	E	24	tight thermal	0.04	0.5
3	6	F	24	tight thermal	0.05	0.5
3	7	G	24	tight thermal	0.06	0.5
3	8	H	24	tight thermal	0.04	0.5
3	9	I	24	tight thermal	0.04	0.5
3	10	J	24	tight thermal	0.04	0.5
3	11	K	24	tight thermal	0.04	0.5
3	12	L	24	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	445	medium thermal	1.11	2
1	2	B	445	medium thermal	1.1	2
1	3	C	445	medium thermal	0.82	2
1	4	D	445	medium thermal	0.78	2
1	5	E	445	medium thermal	0.77	2
1	6	F	445	medium thermal	0.71	2
1	7	G	445	medium thermal	0.56	2
1	8	H	445	medium thermal	0.75	2
1	9	I	445	medium thermal	0.79	2
1	10	J	445	medium thermal	1.1	2
1	11	K	445	medium thermal	1.08	2
1	12	L	445	medium thermal	0.64	2
2	1	A	17	medium thermal	0.35	2
2	2	B	17	medium thermal	0.47	2
2	3	C	17	medium thermal	0.53	2
2	4	D	17	medium thermal	0.58	2
2	5	E	17	medium thermal	0.33	2
2	6	F	17	medium thermal	0.28	2
2	7	G	17	medium thermal	0.47	2
2	8	H	17	medium thermal	0.55	2
2	9	I	17	medium thermal	0.47	2
2	10	J	17	medium thermal	0.42	2
2	11	K	17	medium thermal	0.58	2
2	12	L	17	medium thermal	0.36	2
3	1	A	6	medium thermal	0.11	2
3	2	B	6	medium thermal	0.19	2
3	3	C	6	medium thermal	0.28	2
3	4	D	6	medium thermal	0.27	2
3	5	E	6	medium thermal	0.11	2
3	6	F	6	medium thermal	0.2	2
3	7	G	6	medium thermal	0.25	2
3	8	H	6	medium thermal	0.2	2
3	9	I	6	medium thermal	0.17	2
3	10	J	6	medium thermal	0.14	2
3	11	K	6	medium thermal	0.15	2
3	12	L	6	medium thermal	0.21	2

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.381 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	190	-
R_work	0.313	3577	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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