ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show AMoRE位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT2 データ抽出 Show HKL-2000データ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1TXY解像度 : 2.25→19.95 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.929 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.924 / SU B : 21.902 / SU ML : 0.242 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R : 0.427 / ESU R Free : 0.268 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASESRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.276 425 4.6 % RANDOM Rwork 0.247 - - - all 0.248 10045 - - obs 0.248 9269 92.8 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 65.987 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.41 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.3 Å2 0 Å2 3- - - 0.71 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.25→19.95 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1472 0 0 43 1515
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.021 1500 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.175 1.925 2025 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.801 5 186 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.549 22.581 62 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg17.25 15 265 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.414 15 12 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.072 0.2 237 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 1094 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.2 0.2 581 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.294 0.2 961 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.133 0.2 78 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.172 0.2 46 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.148 0.2 6 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.514 1.5 978 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.839 2 1530 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.232 3 579 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.95 4.5 495
LS精密化 シェル 解像度 : 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.198 16 - Rwork 0.259 507 - obs - 523 74.08 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 8.529 -3.5226 0.3744 6.8247 -2.6224 3.101 -0.0447 0.0046 0.009 0.3835 0.0722 0.0654 -0.2192 -0.0399 -0.0275 -0.3 -0.0029 0.0085 -0.3673 0.0067 -0.5648 6.277 27.61 23.191 2 10.3241 -3.9474 0.5737 7.9064 -2.5197 3.9755 0.1044 0.5842 0.3174 -0.1003 -0.4926 -1.2734 -0.007 0.1305 0.3882 -0.3816 -0.0061 0.0779 -0.3879 0.1388 -0.26 24.643 26.23 17.335 3 3.4967 0.4598 -1.6339 3.6601 -0.987 5.0803 0.0201 0.0192 -0.2739 0.0281 -0.2311 -0.0796 -0.1358 -0.5568 0.211 -0.1959 -0.0046 -0.0938 -0.2665 -0.0469 -0.4013 13.478 24.577 19.329
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 100 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 100 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A105 - 131 4 X-RAY DIFFRACTION 3 B105 - 120