PDB-2pnh: Escherichia coli PriB E39A variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pnh

タイトル

Escherichia coli PriB E39A variant

要素

Primosomal replication protein n

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / beta barrel / OB fold

機能・相同性

機能・相同性情報

pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / replication fork processing / DNA replication initiation / response to radiation / single-stranded DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lopper, M.E. / Keck, J.L.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A hand-off mechanism for primosome assembly in replication restart.
著者: Lopper, M. / Boonsombat, R. / Sandler, S.J. / Keck, J.L.

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pnh.cif.gz	49.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pnh.ent.gz	35.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1txyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1b2s-2 1x1w-2 4jec-d 2bpy-d 1q5j-1 1hiv-d 1x1y-3 1bdr-d 1x1u-3 3ebz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Primosomal replication protein n

B: Primosomal replication protein n

23.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.978, 60.685, 66.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Primosomal replication protein n 分子量: 11683.435 Da / 分子数: 2 / 変異: E39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: priB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07013
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 10045 / Num. obs: 9302 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 66 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Χ²: 2.011 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 725 / R_sym value: 0.438 / Χ²: 1.461 / % possible all: 75.1

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.321 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.784 / Cor.coef. Io to Ic: 0.762

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	15 Å
Translation	3 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TXY

1txy

解像度: 2.25→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 21.902 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.268
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	425	4.6 %	RANDOM
R_work	0.247	-	-	-
all	0.248	10045	-	-
obs	0.248	9269	92.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1472	0	0	43	1515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	1.925	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.549	22.581	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.25	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.414	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.148	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.839	2	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.232	3	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.95	4.5	495

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	16	-
R_work	0.259	507	-
obs	-	523	74.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.529	-3.5226	0.3744	6.8247	-2.6224	3.101	-0.0447	0.0046	0.009	0.3835	0.0722	0.0654	-0.2192	-0.0399	-0.0275	-0.3	-0.0029	0.0085	-0.3673	0.0067	-0.5648	6.277	27.61	23.191
2	10.3241	-3.9474	0.5737	7.9064	-2.5197	3.9755	0.1044	0.5842	0.3174	-0.1003	-0.4926	-1.2734	-0.007	0.1305	0.3882	-0.3816	-0.0061	0.0779	-0.3879	0.1388	-0.26	24.643	26.23	17.335
3	3.4967	0.4598	-1.6339	3.6601	-0.987	5.0803	0.0201	0.0192	-0.2739	0.0281	-0.2311	-0.0796	-0.1358	-0.5568	0.211	-0.1959	-0.0046	-0.0938	-0.2665	-0.0469	-0.4013	13.478	24.577	19.329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	105 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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