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- PDB-2pnc: Crystal Structure of Bovine Plasma Copper-Containing Amine Oxidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnc
タイトルCrystal Structure of Bovine Plasma Copper-Containing Amine Oxidase in Complex with Clonidine
要素Copper amine oxidase, liver isozyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINE OXIDASE / QUINOENZYME / TPQ / clonidine
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase I - Functionalization of compounds / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / early endosome / copper ion binding / response to antibiotic / Golgi apparatus ...Phase I - Functionalization of compounds / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / early endosome / copper ion binding / response to antibiotic / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / 2,6-DICHLORO-N-IMIDAZOLIDIN-2-YLIDENEANILINE / COPPER (II) ION / Primary amine oxidase, liver isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cendron, L. / Holt, A. / Smith, D.J. / Zanotti, G. / Rigo, A. / Di Paolo, M.L.
引用
ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2008
タイトル: Multiple binding sites for substrates and modulators of semicarbazide-sensitive amine oxidases: kinetic consequences
著者: Holt, A. / Smith, D.J. / Cendron, L. / Zanotti, G. / Rigo, A. / Di Paolo, M.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of amine oxidase from bovine serum.
著者: Lunelli, M. / Di Paolo, M.L. / Biadene, M. / Calderone, V. / Battistutta, R. / Scarpa, M. / Rigo, A. / Zanotti, G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data of Amine Oxidase from Bovine Serum
著者: Calderone, V. / Di Paolo, M.L. / Trabucco, M. / Biadene, M. / Battistutta, R. / Rigo, A. / Zanotti, G.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of a Quinoenzyme: Copper Amine Oxidase of Escherichia Coli at 2 A Resolution
著者: Parsons, M.R. / Convery, M.A. / Wilmot, C.M. / Yadav, K.D. / Blakeley, V. / Corner, A.S. / Phillips, S.E. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a Eukaryotic (Pea Seedling) Copper-Containing Amine Oxidase at 2.2 A Resolution
著者: Kumar, V. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Harvey, I. / Mcguirl, M.A. / Wilce, M.C. / Zubak, V.M.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Pichia Pastoris Lysyl Oxidase
著者: Duff, A.P. / Cohen, A.E. / Ellis, P.J. / Kuchar, J.A. / Langley, D.B. / Shepard, E.M. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper amine oxidase, liver isozyme
B: Copper amine oxidase, liver isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,01315
ポリマ－165,9042
非ポリマー2,10913
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13450 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area42290 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.360, 131.956, 134.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLNGLNAA57 - 7741 - 61
21GLNGLNGLNGLNBB57 - 7741 - 61
32VALVALLEULEUAA83 - 19467 - 178
42VALVALLEULEUBB83 - 19467 - 178
53VALVALVALVALAA260 - 285244 - 269
63VALVALVALVALBB260 - 285244 - 269
74ASPASPPROPROAA475 - 547459 - 531
84ASPASPPROPROBB475 - 547459 - 531
95ALAALAGLUGLUAA549 - 638533 - 622
105ALAALAGLUGLUBB549 - 638533 - 622
116GLUGLUGLYGLYAA640 - 680624 - 664
126GLUGLUGLYGLYBB640 - 680624 - 664
137ARGARGARGARGAA321 - 440305 - 424
147ARGARGARGARGBB321 - 440305 - 424
詳細The biological assembly is the dimer present in the asymetric unit

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Copper amine oxidase, liver isozyme / Amine oxidase [copper-containing] / Serum amine oxidase / SAO


分子量: 82951.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: Q29437, EC: 1.4.3.6
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 342分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CLU / 2,6-DICHLORO-N-IMIDAZOLIDIN-2-YLIDENEANILINE / CLONIDINE / クロニジン


分子量: 230.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9Cl2N3 / コメント: 薬剤, アゴニスト*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: KH2PO4 (0.2 M, pH 7.4) and PEG 3350 (20%, w/v), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→34 Å / Num. all: 47787 / Num. obs: 47787 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 6507 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TU5

1tu5


解像度: 2.4→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.978 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25227 2429 5.1 %RANDOM
Rwork0.23695 ---
all0.2389 47787 --
obs0.23774 45208 86.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9852 0 121 331 10304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02210271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8771.95813996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.66151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.80323.548496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.722151514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8231568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.35141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3340.56816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.130.54
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.85926208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.89339998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.66224063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.48633998
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1928medium positional0.180.5
1882loose positional0.45
1928medium thermal3.232
1882loose thermal4.5910
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 177 -
Rwork0.325 3093 -
obs--82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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