PDB-2pn2: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE OSMOTIC STRESS INDUCED AND DETOXI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pn2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE OSMOTIC STRESS INDUCED AND DETOXIFICATION RESPONSE PROTEIN (PSYC_0566) FROM PSYCHROBACTER ARCTICUS 273-4 AT 2.15 A RESOLUTION

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PUTATIVE OSMOTIC STRESS INDUCED AND DETOXIFICATION RESPONSE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Osmotically inducible protein OsmC

機能・相同性情報

生物種

Psychrobacter arcticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (YP_263861.1) from Psychrobacter arcticus 273-4 at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAINS. ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pn2.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pn2.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ovp-2 4ero-d 4pf8-1 4dor-2 6wgm-d 3cs6-d 4m1f-d 4pcd-d 1rl0-d 2i4g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 370504

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.243, 57.390, 103.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-196- HOH

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17462.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter arcticus (バクテリア) 株: 273-4 / 遺伝子: YP_263861.1, Psyc_0566 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q4FU81
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.69 % 解説: ICE RINGS WERE EXCLUDED DURING DATA INTEGRATION BY MOSFLM
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.43 詳細: NANODROP, 0.2M Ammonium sulfate, 30.5% PEG MME 2000, 0.1M Sodium acetate pH 4.43, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97939, 0.97922

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97939	1
3	0.97922	1

反射

解像度: 1.95→36.466 Å / Num. obs: 8085 / % possible obs: 76.3 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.039 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2.06	3.9	0.222	3.2	3471	883	0.222	58.3
2.06-2.18	4	0.116	5.8	4145	1031	0.116	71.5
2.18-2.33	3.9	0.103	6.4	2491	632	0.103	46.5
2.33-2.52	4	0.077	8.2	5052	1256	0.077	99.8
2.52-2.76	4	0.058	10.7	3280	823	0.058	69.8
2.76-3.08	4	0.043	13.7	4275	1058	0.043	99.7
3.08-3.56	4	0.039	13.4	3245	811	0.039	86.4
3.56-4.36	3.9	0.033	17.7	2349	601	0.033	74.9
4.36-6.17	3.9	0.031	18.2	2501	646	0.031	99.5
6.17-36.47	3.5	0.02	30.7	1190	344	0.02	93.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→36.466 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 7.676 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.201
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	393	4.9 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	-	-	-
obs	0.197	8065	76.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1030	0	7	66	1103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.959	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	3	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.999	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.418	24.634	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.358	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.428	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.069	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.097	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.137	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.093	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.647	3	729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.39	3	278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.576	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.331	8	397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.269	11	331

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	44	-
R_work	0.25	697	-
obs	-	741	98.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.368 Å / Origin y: -1.96 Å / Origin z: 23.018 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1563 Å²	0.0143 Å²	-0.0533 Å²	-	-0.1916 Å²	-0.0237 Å²	-	-	-0.2499 Å²
L	3.0018 °²	0.7331 °²	-0.8553 °²	-	2.0934 °²	-0.02 °²	-	-	2.6933 °²
S	-0.0716 Å °	0.0562 Å °	-0.177 Å °	-0.0435 Å °	0.1909 Å °	-0.1399 Å °	0.066 Å °	0.1565 Å °	-0.1192 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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