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- PDB-2pmf: The crystal structure of a human glycyl-tRNA synthetase mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pmf
タイトルThe crystal structure of a human glycyl-tRNA synthetase mutant
要素Glycyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / classIIa aminoacyl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / protein dimerization activity / mitochondrial matrix / axon / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Herpes Virus-1 - #230 / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain ...Herpes Virus-1 - #230 / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Herpes Virus-1 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xie, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Long-range structural effects of a Charcot-Marie- Tooth disease-causing mutation in human glycyl-tRNA synthetase.
著者: Xie, W. / Nangle, L.A. / Zhang, W. / Schimmel, P. / Yang, X.L.
履歴
登録2007年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9333
ポリマ－78,8051
非ポリマー1282
水3,639202
1
A: Glycyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: Glycyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,8656
ポリマ－157,6102
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area46600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.412, 91.412, 246.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The other monomer of the biological assembly is generated by the operation: y,x+1,-z

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要素

#1: タンパク質 Glycyl-tRNA synthetase / Glycine--tRNA ligase / GlyRS


分子量: 78804.969 Da / 分子数: 1 / 変異: G526R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GARS / プラスミド: pET21a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P41250, glycine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 25080 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 2419 / Χ2: 1.09 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The native T.thermophilus GlyRS structure

解像度: 2.85→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.878 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 24999 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4144 0 7 202 4353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0224242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8471.9485727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7195519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66523.762210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96215722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9021531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.32037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.52860
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.5347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.78332651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.07444180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34121764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.90431547
LS精密化 シェル解像度: 2.851→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 96 -
Rwork0.288 1614 -
obs-1710 94.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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