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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pmc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CheY-Mg(2+) in Complex with CheZ(C15) Peptide solved from a P1 Crystal | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / CHEMOTAXIS / CHEY-CHEZ PEPTIDE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guhaniyogi, J. / Stock, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of CheY with the C-terminal peptide of CheZ. 著者: Guhaniyogi, J. / Wu, T. / Patel, S.S. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains four biological units, two of which are unbound CheY chains (chain C and chain D) and the other two are peptide-bound (chains A & E and chains B & F). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14009.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: cheY / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1622.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to the C-terminal 15 residues of the CheZ protein occurring naturally in Salmonella enterica serovar Typhumurium. 参照: UniProt: P07800 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 37.5 % PEG 8000, 0.1 M ammonium thiocyanate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Crystal type Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.688→30 Å / Num. all: 12741 / Num. obs: 12578 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 12578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.641 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.688→28.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.688→2.758 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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