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- PDB-2pmc: Crystal Structure of CheY-Mg(2+) in Complex with CheZ(C15) Peptid... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pmc | ||||||
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Title | Crystal Structure of CheY-Mg(2+) in Complex with CheZ(C15) Peptide solved from a P1 Crystal | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / CHEMOTAXIS / CHEY-CHEZ PEPTIDE COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guhaniyogi, J. / Stock, A.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Interaction of CheY with the C-terminal peptide of CheZ. Authors: Guhaniyogi, J. / Wu, T. / Patel, S.S. / Stock, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 110.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The asymmetric unit contains four biological units, two of which are unbound CheY chains (chain C and chain D) and the other two are peptide-bound (chains A & E and chains B & F). |
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Components
#1: Protein | Mass: 14009.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1622.687 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: This sequence corresponds to the C-terminal 15 residues of the CheZ protein occurring naturally in Salmonella enterica serovar Typhumurium. References: UniProt: P07800 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 37.5 % PEG 8000, 0.1 M ammonium thiocyanate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Crystal type Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.688→30 Å / Num. all: 12741 / Num. obs: 12578 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing MR |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 12578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.641 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.688→28.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.688→2.758 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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