PDB-2plj: Crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2plj

タイトル

Crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed with putrescine from Vibrio vulnificus

要素

lysine/ornithine decarboxylase

キーワード

LYASE / TYPE IV DECARBOXYLASE / BETA/ALPHA BARREL / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine decarboxylase / putrescine biosynthetic process from ornithine / ornithine decarboxylase activity / polyamine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lee, J. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Phylogenetic diversity and the structural basis of substrate specificity in the beta/alpha-barrel fold basic amino acid decarboxylases.
著者: Lee, J. / Michael, A.J. / Martynowski, D. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A.

履歴

登録	2007年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2plj.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2plj.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2plj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2plj_validation.pdf.gz	969.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2plj_full_validation.pdf.gz	979.2 KB	表示
XML形式データ	2plj_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	2plj_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2plj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2plj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2plkC 1f3tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2plk-d 6b2y-d 5gjn-1 5bnd-d 7kh2-2 5a6n-d 6n2f-d 1qu4-1 1njj-1 1f3t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lysine/ornithine decarboxylase

B: lysine/ornithine decarboxylase

ヘテロ分子

92.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.074, 88.683, 111.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	lysine/ornithine decarboxylase 分子量: 45919.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: LysA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8D594, UniProt: A0A3Q0KZG4*PLUS, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-P3T / (4-{[(4-AMINOBUTYL)AMINO]METHYL}-5-HYDROXY-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / PHOSPHORIC ACID MONO-{4-[(4-AMINO-BUTYLAMINO)-METHYL]-5-HYDROXY-6-METHYL-PYRIDIN-3-YLMETHYL} ESTER 分子量: 319.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₃O₅P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 35% PEG-4000, 0.1M Tris HCl pH8.4, 0.2M Magnesium chloride, 0.5% w/v n-octyl-b-D-glucoside , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979269 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射	モノクロメーター: Double-Crystal Monochromator Si-111, Si-220 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979269 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 90404 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 25.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 35.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 4440 / R_sym value: 0.633 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F3T

1f3t

解像度: 1.7→19.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.937 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / σ(I): 2 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21311	4528	5 %	RANDOM
R_work	0.18077	-	-	-
obs	0.1824	85679	99.82 %	-
all	-	85679	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5711	0	43	614	6368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.975	8040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.548	24.639	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.587	15	970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.817	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.094	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.849	1.5	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.33	2	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.386	4.5	2063

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å / R_factor R_free error: 0.001 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	327	-
R_work	0.353	6206	-
obs	-	4440	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8964	-2.8414	-0.3278	7.2759	5.8894	6.9436	-0.0534	-0.241	-0.0463	1.1768	-0.337	0.2469	1.1263	-0.712	0.3904	0.2019	-0.1614	0.0645	-0.0108	-0.037	-0.0907	59.012	57.343	33.088
2	0.7693	0.1902	-0.1032	0.8633	-0.1402	1.5144	-0.0107	0.1148	0.0102	-0.1094	0.0685	0.0166	0.0292	0.0157	-0.0578	0.0652	0.0023	-0.0233	-0.0316	-0.0091	-0.0315	69.845	69.021	4.721
3	0.9497	0.0217	-0.0733	1.0626	-0.3057	2.8257	0.0067	0.1486	0.1642	-0.1568	0.094	0.1642	-0.2892	-0.1911	-0.1007	0.1052	0.0252	-0.0362	-0.0139	0.0423	-0.0106	61.027	79.914	0.916
4	0.6873	-0.3389	0.6458	1.2444	0.3231	2.3662	-0.0648	-0.1353	0.1169	0.2779	0.0404	0.0435	-0.0668	-0.2207	0.0244	0.146	0.0246	0.0134	-0.0152	-0.0256	-0.0313	66.486	75.072	38.984
5	1.0587	0.21	0.9727	0.4921	0.1578	1.4352	0.0647	0.0186	-0.0501	0.1886	0.0121	-0.0641	0.0427	0.0072	-0.0768	0.0965	0.0083	-0.0098	-0.0263	-0.006	-0.0176	69.807	65.004	27.192
6	0.7165	-0.4293	0.0566	1.4586	-0.3888	2.1129	-0.0767	0.0293	-0.0445	0.1464	-0.0234	-0.3861	0.1743	0.2368	0.1	0.0297	0.0313	-0.0669	-0.0743	-0.0182	0.0757	100.827	71.553	30.107
7	1.9843	-0.4649	-0.0976	2.0521	0.1603	1.9503	-0.2196	-0.2627	-0.0991	0.3433	0.1152	-0.0764	0.1191	-0.095	0.1044	0.2257	0.0728	-0.0613	-0.0953	0.011	-0.0734	83.359	67.257	50.157
8	1.2332	0.2702	-0.6108	1.4845	-0.7198	2.1417	-0.1538	-0.3164	0.0936	0.5189	0.0564	-0.1774	-0.2007	0.0199	0.0974	0.3389	0.0953	-0.1827	-0.0027	-0.0527	0.0352	92.617	81.6	52.717
9	0.6645	-0.039	0.7786	1.2632	0.174	2.2865	-0.057	0.0761	0.0604	-0.0737	0.039	-0.1486	-0.1919	0.0924	0.018	0.0691	-0.0209	0.0084	-0.0479	-0.0118	0.012	87.976	82.259	15.793
10	2.1318	0.6076	1.0443	0.929	0.1547	1.9835	0.0288	0.0593	-0.1426	0.0059	-0.0019	-0.1978	0.0842	0.0795	-0.0269	0.0768	0.0116	-0.0119	-0.0483	-0.0284	0.0244	90.031	70.337	22.216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 34	23 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 178	55 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	179 - 276	199 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	277 - 362	297 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	363 - 390	383 - 410
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	18 - 85	38 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	86 - 177	106 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	178 - 268	198 - 288
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	269 - 362	289 - 382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	363 - 390	383 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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