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万見
- PDB-2pl5: Crystal Structure of Homoserine O-acetyltransferase from Leptospi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pl5
タイトルCrystal Structure of Homoserine O-acetyltransferase from Leptospira interrogans
要素Homoserine O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / homoserine O-acetyltransferase / alpha/beta hydrolase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #110 / Homoserine/serine acetyltransferase MetX-like / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #110 / Homoserine/serine acetyltransferase MetX-like / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homoserine O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, L. / Wang, M. / Wang, Y. / Wei, Z. / Xu, H. / Gong, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of homoserine O-acetyltransferase from Leptospira interrogans
著者: Wang, M. / Liu, L. / Wang, Y. / Wei, Z. / Zhang, P. / Li, Y. / Jiang, X. / Xu, H. / Gong, W.
履歴
登録2007年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3403
ポリマ－40,1561
非ポリマー1842
水3,387188
1
A: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6816
ポリマ－80,3132
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7060 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.124, 61.124, 215.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Homoserine O-acetyltransferase / Homoserine O-trans-acetylase / Homoserine transacetylase / HTA


分子量: 40156.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
遺伝子: metX / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8F4I0, homoserine O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.82 Å / Num. obs: 21812 / % possible obs: 99.6 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.205 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1108 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 21656 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 12 188 2993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.9573963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3715378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39824.567127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84315476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.391511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4981.51881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88222938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06531194
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5594.51019
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 78 -
Rwork0.241 1485 -
obs-1563 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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