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- PDB-2pko: Crystal structure of yeast Urm1 at 1.8 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pko
タイトルCrystal structure of yeast Urm1 at 1.8 A resolution
要素Ubiquitin-related modifier 1
キーワードPROTEIN BINDING / Beta Grasp Fold Ubiquitin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell budding / tRNA thio-modification / sulfur carrier activity / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / invasive growth in response to glucose limitation / tRNA wobble uridine modification / protein tag activity / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity ...cell budding / tRNA thio-modification / sulfur carrier activity / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / invasive growth in response to glucose limitation / tRNA wobble uridine modification / protein tag activity / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-related modifier 1 / Urm1 (Ubiquitin related modifier) / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-related modifier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lee, E.Y. / Lake, M.W. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The sulfurtransferase activity of Uba4 presents a link between ubiquitin-like protein conjugation and activation of sulfur carrier proteins.
著者: Schmitz, J. / Chowdhury, M.M. / Hanzelmann, P. / Nimtz, M. / Lee, E.Y. / Schindelin, H. / Leimkuhler, S.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-related modifier 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0391
ポリマ－11,0391
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.871, 62.681, 27.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-152-

HOH

詳細Monomer with one molecule in the asymetric unit

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-related modifier 1


分子量: 11039.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: URM1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P40554
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 33-35% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月29日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.75 Å / Num. all: 7848 / Num. obs: 7848 / % possible obs: 97.16 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 97.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XO3

1xo3


解像度: 1.8→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.727 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26295 384 4.7 %RANDOM
Rwork0.18837 ---
all0.19175 8474 --
obs0.19175 7848 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.163 Å0.157 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数801 0 0 79 880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.971102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81331756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.527599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97226.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84815152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.421153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4273658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8183209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.845820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.7214349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.8768282
LS精密化 シェル解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 39 -
Rwork0.268 543 -
obs--96.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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