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- PDB-2pk9: Structure of the Pho85-Pho80 CDK-cyclin Complex of the Phosphate-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pk9
タイトルStructure of the Pho85-Pho80 CDK-cyclin Complex of the Phosphate-responsive Signal Transduction Pathway
要素
  • Cyclin-dependent protein kinase PHO85
  • PHO85 cyclin PHO80
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/CELL CYCLE / cyclin-dependent kinase / cyclin / TRANSFERASE- CELL CYCLE COMPLEX / TRANSFERASE-CELL CYCLE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / vacuole fusion, non-autophagic / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization ...establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / vacuole fusion, non-autophagic / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of nucleocytoplasmic transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / negative regulation of glycogen biosynthetic process / cell cycle G1/S phase transition / cellular bud neck / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / synaptic vesicle transport / negative regulation of macroautophagy / regulation of cell division / lipid homeostasis / positive regulation of macroautophagy / regulation of lipid metabolic process / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / vesicle-mediated transport / regulation of protein stability / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of protein localization / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin PHO80-like / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Cyclin PHO80-like / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent protein kinase PHO85 / PHO85 cyclin PHO80
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.906 Å
データ登録者Huang, K. / Ferrin-O'Connell, I. / Zhang, W. / Leonard, G.A. / O'Shea, E.K. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of the Pho85-Pho80 CDK-Cyclin Complex of the Phosphate-Responsive Signal Transduction Pathway
著者: Huang, K. / Ferrin-O'Connell, I. / Zhang, W. / Leonard, G.A. / O'Shea, E.K. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2007年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE SEQUENCE WARNING: RESIDUE (D GLN 16 ) AND RESIDUE (D GLY 17 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF ... SEQUENCE SEQUENCE WARNING: RESIDUE (D GLN 16 ) AND RESIDUE (D GLY 17 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 2.46

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent protein kinase PHO85
B: PHO85 cyclin PHO80
C: Cyclin-dependent protein kinase PHO85
D: PHO85 cyclin PHO80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6516
ポリマ－139,2614
非ポリマー3902
水00
1
A: Cyclin-dependent protein kinase PHO85
B: PHO85 cyclin PHO80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8263
ポリマ－69,6302
非ポリマー1951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cyclin-dependent protein kinase PHO85
D: PHO85 cyclin PHO80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8263
ポリマ－69,6302
非ポリマー1951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.775, 147.775, 211.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent protein kinase PHO85 / E.C.2.7.11.22 / Serine/threonine-protein kinase PHO85 / Negative regulator of the PHO system


分子量: 36356.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PHO85, SSG3 / プラスミド: pQE60 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P17157, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 PHO85 cyclin PHO80 / Phosphate system cyclin PHO80 / Aminoglycoside antibiotic sensitivity protein 3


分子量: 33273.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PHO80, AGS3, TUP7, VAC5 / プラスミド: pSBET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P20052
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.33 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9ul 12% PEG 10000, 10% glycerol, 0.2ul 0.25 M strontium chloride (SrCl2), 10 mM Tris (2-carboxyethyl) phosphine (TCEP, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 9ul 12% PEG 10000, 10% glycerol, 0.2ul 0.25 M strontium chloride (SrCl2), 10 mM Tris (2-carboxyethyl) phosphine (TCEP, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97948
シンクロトロンESRF ID2920.97926
検出器
タイプID検出器日付詳細
CUSTOM-MADE1CCD2005年7月21日APS 19ID
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年4月11日ESRF ID29
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
20.979261
反射解像度: 2.906→15.03 Å / Num. all: 52156 / Num. obs: 47431 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.906→3 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.906→15.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31536 2622 5 %RANDOM
Rwork0.28146 ---
obs0.28316 49532 88.49 %-
all-52156 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.14 Å22.57 Å20 Å2
2--5.14 Å20 Å2
3----7.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.906→15.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 24 0 8018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.97510916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5155970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74723.704351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.716151400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5691549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.25433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.091.54921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33427969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72333134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2374.52947
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.906→2.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 161 -
Rwork0.36 2749 -
obs--70.07 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2mes_xplor_par_a.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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